Анализа ДНК укључује различите врсте молекуларних експеримената и биолошких поступака. ДНК је крхка и компликована сировина, па је за руковање и анализу потребна најквалитетнија и најчишћа припрема хемикалија. У зависности од анализе, стотине хемикалија, од киселих и базних раствора до пуфера и боја, укључене су у проучавање ДНК. Разумевање зашто се користе неке хемикалије је кључно за извођење успешних експеримената и добијање тачних, поузданих и поновљивих резултата.
Етилендиаминтетраацетат за пречишћавање ДНК
Три врсте ДНК се пречишћавају за научни рад: ДНК из генома (геномска ДНК), целокупна ДНК из ћелије (укупна ДНК) или из плазмида, који се могу сами умножити. За потпуно пречишћавање ДНК ћелија користе се хемикалије које омогућавају уништавање многих ћелијских мембрана током лизе ћелија. Хемикалија етилендиаминтетраацетат (ЕДТА) се често користи за уклањање магнезијумових јона који су потребни за одржавање крутост ћелијских зидова, узрокујући да ослабе до те мере да се уруше или покидају, ослобађајући садржај ћелије и ДНК за анализа. Поред тога, ЕДТА штити и чува интегритет ДНК инхибирајући ензиме који су нормално присутни у ћелији, који могу фрагментирати ДНК и учинити га неупотребљивим.
Магнеисум хлорид за појачавање ДНК
Ланчана реакција полимеразе (ПЦР) је софистицирана метода анализе која се користи за умножавање неколико хиљада копија молекула ДНК, међутим, она је испуњена техничким проблемима и нетачностима. Стога многи научници рутински изводе неколико различитих скупова ПЦР-а како би пронашли најоптималније стање и параметре за одређени ген који нас занима. Једна хемикалија која се користи за такву оптимизацију је магнезијум, који стабилизује ензим ДНК полимеразе који се користи у ПЦР-у и делује као неопходан ко-фактор за активност ензима. За ПЦР, магнезијум се користи у облику пуфера магнезијум хлорида.
Етидијум бромид за бојење ДНК
Етидијум бромид је боја која се везује за ДНК клизањем између нуклеотида који чине двоструку спиралу ДНК у процесу познатом као интеркалација. Затим се ова боја може осветлити ултраљубичастом лампом, тако да се ДНК за који је везан етидијум бромид може визуализовати. Међутим, потребан је најмање 1 нанограм ДНК да би се етидијум бромид могао правилно видети, стога је то један од начина откривања ДНК ојачане ПЦР-ом. Иако је јефтина и широко се користи, такође је мутагена хемикалија за коју је познато да изазива рак, па је њена употреба у лабораторијама високо регулисана и многи научници прелазе на употребу мање токсичних алтернатива.