Екосистем Флорида Кеис састоји се од разноликих станишта, укључујући мангрове, коралне гребене и боровине, која су богата јединственим врстама. И људи су део екосистема и њихове активности утичу на сва станишта и животиње и биљке које их насељавају. Екосустав Кеис се састоји од мале површине земље, па су утицаји људских активности увећани. Утицаји укључују загађење воде, повећане инвазивне врсте, прекомерни риболов, негативне ефекте пловидбе и урбаног развоја и глобалне климатске промене.
Људска популација подручја познатог као Југоисточна Флорида или Флорида Кеис порасла је за преко 3,9 милиона од 1970. до 2008. године. Поморанџи су уступили место стамбеним зградама, тржним центрима, индустрији и аутопутевима. Ове промене довеле су до уништавања природних станишта. Поред тога, повећало се и загађење воде узроковано пречишћавањем канализације и септичким преливањем и отицањем отпадних вода које садрже уље, пестициде и тешке метале.
У 2010. години кључеве је посетило 3,8 милиона. Многи од ових посетилаца бавили су се активностима попут риболова. Поред туриста и становника који се баве овим рекреативним активностима, комерцијални риболов је велика индустрија у том подручју. Прекомерни риболов исцрпео је врсте у екосистему Кеис, остављајући мање рибе и мењајући интеракцију сложене прехрамбене мреже.
Вожња чамцем у том подручју није довела само до директних повреда морских крава које су пропелери проузроковали, већ су и од пропелера оштетили велике површине морске траве. Чамци се насукавају и оштећују коралне гребене док сидра стружу преко ових деликатних формација. Сваке године се у Кључевима догоди више од 500 уземљења. Ово уништава станиште и негативно утиче на читав ланац исхране, што доводи до даљег губитка врста.
Како се људи крећу, са собом доносе врсте из других подручја које се могу пустити у екосистем. Ове врсте могу да се настане и пошто немају предаторе, постају врло успешне, конкурентске домаће врсте и мењају динамику целокупног екосистема. Инвазивне животиње и биљке у Флорида Кеис-у укључују рибу лав и гвинејску траву. Уз све ове локалне директне и индиректне утицаје, предвиђа се и ефекти глобалног загревања који ће загрејати воде у подручје за 4 до 10 степени Фахренхеита и подићи ниво мора, вероватно узрокујући пребрзе промене да би екосистем могао поправка.