Ни научници нису 100 посто сигурни како тачно настају аметист геоде - или како се формирају било које геоде. Није било пуно истраживања, јер су геоде само забавне научне аномалије са мало, ако уопште и постоје научне користи. То су стене које споља делују обично, али када се отворе откривају шупљину у средини испуњену прелепим кристалима. Општи научни консензус је да се аметист геоде стварају у два корака. Прво је формирање шупљине, а затим формирање кристала.
Аметист геода је шупља стена са кристалима аметиста који облажу унутрашње зидове, па прво мора да се формира шупљина. То се може догодити било где где је или је лава била близу земљине површине. Као резултат, аметист геоде се могу наћи на хиљадама места широм света. Први корак у природном процесу који ствара аметист геоде је стварање гасних шупљина у лави. Шупљине гаса могу се створити од мехурића (баш као што карбонизација изазива мехуриће у вашој соде). Неки научници теоретишу да шупљине такође могу настати када хлађење лаве тече близу корена дрвећа или других ствари које вире из земље. Расхладна лава се потпуно стврдне пре него што се напуни око испупчења, стварајући шупљину.
Шупљине се затим напуне течношћу богатом силицијум диоксидом која садржи гвожђе у траговима. Временом ова течност формира кристале - шестостране пирамиде (ромбоедре) аметиста. Кристали боје у распону од светло јорговане до дубоко љубичасте настају када у течности постоји траг гвожђа, што резултира аметистним геодама.