Абиотска карактеристика је нежива компонента екосистема која утиче на начин на који жива бића цветају. Водени биоми укључују океан, језера, реке, потоке и баре. Било које водено тело које садржи живот је водени биом. Водени биоми су домаћин многим абиотским особинама, али су посебно зависни од пет од њих.
Сунчева светлост
Сунчева светлост је витална за фотосинтезу, која чини основу за већину ланаца исхране у воденим биомима. У плиткој води доступна количина сунчеве светлости у великој мери зависи од променљивих фактора, као што су сезона, облачност и локална географија. У дубокој води океана и неким језерима, међутим, сунчева светлост продире само делић пута до дна, остављајући огромне заливе воде у потпуном мраку. Већина океана уопште не прима сунчеву светлост. Живот на овим дубинама у великој мери зависи од отпадака из плићих екосистема.
Температура
У малим воденим тијелима температура може јако варирати између дана и ноћи, као и током сезоне. Организми морају бити спремни да се носе са тим флуктуацијама или да изумру. У великим језерима и дубоким океанима температура је функција дубине. Како се сунчева светлост смањује са дубином, тако вода постаје хладнија, а температура мање зависи од површинских услова. Дубоко у океану температура пада скоро до леда и остаје невероватно стабилна. Изузетак су сићушна „острва“ прегрејане воде које пружају вулкански отвори на дну океана, који развијају сопствене високо специјализоване екосистеме.
Хемијски састав
Две најважније хемикалије које се растварају у води су кисеоник и угљен-диоксид. Кисеоник је потребан за подршку животињама и неким облицима алги, док је угљен-диоксид потребан за живот биљака. Ако се одбаци равнотежа између ове две хемикалије, резултат може бити масовно одумирање биљног или животињског света. На хемијски састав воде утичу и локални услови тла и отицање људских активности. Незнатно повећање нивоа неких хемикалија може бити изузетно штетно за водени свет.
Терен
Прилично различити екосистеми еволуирали су да би искористили предности подводног терена. Спора река са муљевитим дном удомит ће потпуно другачију популацију риба од потока који брзо и бистро тече преко стена. Океан има разнолико становништво зависно од коралних гребена, пешчаних обала, стеновитих острвских планина или пространства отвореног океана. Често ће врста зависити од више од једног терена у свом животном циклусу, мада су неки специјалисти који не могу преживети изван уског опсега терена.
Поремећај воде
Узнемиравање воде може бити у облику таласа, струјања или кретања река. Количина ометања које претрпи водно тело одређује количину кисеоника и угљен-диоксида који се растварају из атмосфери, раслојавању температуре са површине на веће дубине и ефектима хемикалија присутних у воде. Мирно језеро имаће ужи и ригидније дефинисани скуп температурних слојева од океана потученог таласима, док се захтеви живота у брзој реци разликују од оба.
