Патогени су микроби који узрокују болести код својих домаћина. Док биљке обично имају више страха од патогених гљивица које се преносе са тла, него од бактеријских болести које се преносе са тла, разне патогене бактерије које живе у земљи узрокују болести и код биљака. Превише је врста патогена биљака у земљишту да би их се све набрајало, али следеће су неке од најважнијих или најчешћих. Неколико врста бактерија у тлу може се показати опасним или чак смртоносним за људе.
Цлостридиум ботулинум
Ц. ботулинум је грам-позитивна бактерија (тј. бактерија која позитивно тестира на Грам тесту бојења) која формира издржљиве, трајне споре. Када споре пронађу праве услове, оне клијају и почињу да расту. Они могу произвести смртоносни протеин зван ботулинум токсин, који делује на нервни систем код људи и других сисара, блокирајући ослобађање кључног неуротрансмитера који се назива ацетилхолин. Ц. Споре ботулина налазе се у земљи и води у многим регионима широм света. Они су анаеробни и расту само у одсуству кисеоника; кисели услови инхибирају њихов раст. Иако је Ц. ботулинум понекад узрокује фаталне случајеве болести која се преноси храном, а зове се ботулизам, снажни токсин који производи бактерија је такође постала корисна за парализовање мишићног ткива код људи као део различитих медицинских или козметичких препарата процедуре. Када се користи као терапеутско средство, ботулинум токсин је познат под својим трговачким именом Боток.
Ервиниа царотовора
Е. каротовора је високо деструктивни патоген који узрокује болести у широком спектру биљака, укључујући кромпир и већину другог меснатог поврћа. Ова грам негативна бактерија у облику штапића може да нападне усеве на пољу или док је на складишту. Подврста Е. царотовора царотовора добро преживљава у земљишту и површинским водама; може да расте у зонама корена многих других врста нељудских култура или чак корова, нападајући кромпир или друге рањиве усеве када се укаже прилика. Уобичајене болести кромпира узроковане Е. царотовора укључују црну ногу, ваздушну трулеж стабљика и мекану трулеж кртола.
Стрептомицес сцабиес
Стрептомицес сцабиес су грам-позитивне бактерије које заједно са две друге врсте Стрептомицес (С. ацидисцабиес и С. тургидисцабиес) могу да заразе кромпир и друге кореновске усеве попут репе, роткве, репе, шаргарепе и пастрњака. Необично је по томе што ћелије док расту формирају филаменте сличне онима које формирају гљиве - мада далеко мање. Филаменти С. шуга тада може да се одломи и формира споре. Бактерија се шири инвазијом на млада, свежа ткива и уласком у старије ткиво путем рана или природних отвора.
Ксантомонас
Ксантомонас је род који укључује многе важне биљне патогене. Иако се у земљи не задржавају дуго, неке врсте могу преживети у земљи током зиме и на пролеће заразити нови усев. Као и све друге протеобактерије, оне су грам-негативне. Врста Кс. цампестрис узрокује црну трулеж у широком спектру биљака и можда је најважнији члан рода. Иронично је да се иста бактерија комерцијално узгаја да би произвела ксантан гуму, уобичајени адитив за храну.