Mikroskopi so bili uporabljeni na številnih različnih področjih za opazovanje drobnih primerkov. Obstajajo različne vrste mikroskopov, od katerih ima vsak svoje metode za ogled različnih vidikov določenega vzorca. Večina mikroskopov ima nabor objektivov in lečo okularja, ki omogočajo ogled povečane slike. Številnim mikroskopom lahko dodamo tudi kamero, ki omogoča zajemanje slik za kasnejšo analizo. Učni mikroskopi imajo običajno dva kompleta okularjev, tako da lahko druga oseba vidi isto sliko kot oseba, ki upravlja z aparatom.
Spojina
Najbolj poceni in najpogostejši mikroskop, ki se uporablja v laboratorijih, je sestavljeni mikroskop. Ti mikroskopi za povečanje predmetov uporabljajo leče različnih jakosti. Sestavljeni mikroskopi imajo navadno okular, komplet ogledal in lečo, ki delujejo skupaj. Slike so vidne v dveh dimenzijah. S pomočjo nastavka za mikroskopsko kamero lahko opazovalec pozneje shrani slike za analizo.
Skenirni elektronski mikroskop
Skenirni elektronski mikroskop lahko opazuje predmete s 3D-sliko. Slike imajo veliko povečavo in visoko ločljivost, vendar so črno-bele. Za podrobne posnetke je vzorec prevlečen z zlatimi delci. Elektroni se od pozlačenega posnetka odbijejo, da ustvarijo sliko. Ta vrsta mikroskopa je uporabna za natančen ogled zelo majhnih predmetov, slike pa se shranijo za poznejši ogled. Pogosti predmeti, ki si jih ogledujejo, so podrobne slike bakterij, virusov in nekaterih celičnih komponent.
Transmisijski elektronski mikroskop
Ta vrsta mikroskopa uporablja elektrone za prehod skozi vzorec. Dvodimenzionalne slike nastanejo z ustvarjanjem tankih rezin z visoko ločljivostjo in veliko povečavo. Transmisijski elektronski mikroskopi so koristni za pridobivanje slik skozi debelino vzorca, ne le površino. Ker so dragi, te mikroskope pogosteje najdemo v večjih raziskovalnih ustanovah in na univerzah.
Stereoskop
Stereoskope lahko uporabite za ogled predmetov v treh dimenzijah. Povečava ni tako močna kot pri drugih vrstah mikroskopov, omogoča pa vam podrobnosti, ki jih s prostim očesom sicer ne bi videli. Imenujemo jih tudi "disekcijski" mikroskopi, saj jih pogosto uporabljamo za razsek majhnih osebkov.
Fluorescenčni mikroskop
Mikroskope lahko uporabljamo za ogled različnih vidikov vzorca s spreminjanjem načina ustvarjanja slike. Fluorescenčni mikroskopi uporabljajo posebne svetlobne barve za interakcijo z barvili. Ko se barvila osvetlijo, lahko nekatere strukture izoliramo in si jih ogledamo s pripadajočimi barvili. Ta vrsta mikroskopa je koristna za opazovanje določenih beljakovin v celici. Za zajem slik iz mikroskopa je običajno pritrjena kamera.