Pri gelski elektroforezi vzorce DNA ali beljakovine ločimo - običajno glede na velikost - z uporabo električnega polja, zaradi katerega se selijo skozi gel. Uporaba gelne elektroforeze je rutinska v laboratorijih za biomedicinske raziskave in se uporablja za odgovore na različna vprašanja, zato v resnici ni univerzalnega načina za analizo rezultatov.
Vključujejo na primer različne tehnike, kot so Western blotting, Northern blotting in Southern blotting gelska elektroforeza.
Če delaš agarozni gel elektroforeza vzorcev DNK, najpogostejša vrsta postopka, boste običajno morali narediti vsaj dve stvari: 1) razlikovati nerezane plazmidi iz vložkov, zarezanih plazmidov in razrezanih plazmidov in, 2) ocenijo velikost različnih fragmentov DNA s standardno krivuljo Excel oz. kalkulator.
Preverite prenosni računalnik, da ugotovite, kateri vzorci so bili naloženi na kateri pas. Ko ste naložili jamice za svoj gel, bi morali zabeležiti identiteto vsakega pasu / vzorca.
Z ravnilom izmerite razdaljo na sliki od vodnjakov do sledilnega barvila, kar bo so potovali dlje od katerega koli pasu DNA (z drugimi besedami, bo na dnu gel). Zapišite to številko - enote, ki jih uporabljate, niso pomembne.
Izmerite razdaljo na svoji sliki od vodnjakov do vsakega pasu v "lestvi", nato to razdaljo delite z razdaljo, ki jo je prevozila sledilno barvilo pasu. Ta izračun vam daje relativno mobilnost vsakega pasu.
Primer: Denimo, da je pas za barvanje sledil 6 palcev in imamo tri pasove, ki so potovali 5, 4,5 in 3,5 palca.
Kakšna je njihova relativna mobilnost? Odgovor: 5, 4,5 in 3,5 delimo s 6, da dobimo relativne gibljivosti 0,833, 0,75 in 0,5833.
Proizvajalec vam določi velikost vsakega drobca v lestvah, ki jih dobavljajo, zato bi morali te informacije že imeti.
Uporabite funkcijo Trendline v programu za preglednice, da enačbo prilagodite podatkom. Ta enačba mora biti enačba moči (npr. X ^ -2) in naj se relativno dobro prilega podatkom (R-koeficient najmanj 0,9). To ustvari krivuljo in standardno krivuljo Excel.
Ne pozabite, da manjši fragmenti DNA potujejo dlje skozi gel kot veliki fragmenti DNA, zato bodo tisti, ki so najbližji barvi za sledenje, najmanjši. Upoštevajte pa, da če plazmid (krožna) DNK je nerazrezana, postala bo "super navita" ali zvita kot telefonska vrvica, zaradi česar bo dejansko potovala dlje kot linearna DNA enake velikosti.
Prav tako bo "odrezan" plazmid, ki je bil popolnoma odrezan, potoval po krajši razdalja kot linearna DNA enake velikosti. Posledično iz vašega gela ne morete oceniti velikosti neizrezanih plazmidov.
Pasove na vsakem pasu povežite z identiteto vzorca, ki ste ga naložili na ta pas, in ugotovite, ali tisto, kar vidite, pričakujete. To je odvisno od narave vašega eksperimenta.
Na splošno pa bi, če bi prebavili vstavljeni plazmid z dvema restrikcijskima encimoma, pričakovali, da bi se vložek osvobodil plazmida.
Ker je veliko manjši od plazmida, bi pričakovali, da boste na tem pasu videli dva pasova, enega blizu vrha in drugega spodaj blizu dna. Plazmid, razrezan samo z enim restrikcijskim encimom, mora tvoriti le en pas, ki potuje nekoliko dlje od plazmida, razrezanega z dvema restrikcijski encimi, vendar ni blizu tako daleč kot vložek.
Izmerite razdaljo od vdolbinic do razrezanega plazmida in s svojim ravnilom vstavite trakove. Te številke razdelite na razdaljo, ki jo prevozi barvilo za sledenje, da poiščete relativno gibljivost vložkov in rezanih plazmidov.