Mikroskop se uporablja na različnih znanstvenih področjih za številne različne namene. Ne glede na to, ali gre za forenziko ali tradicionalno medicinsko znanost, je mikroskop nepogrešljiv instrument.
Analiza tkiv
Histologi običajno preučujejo celice in tkiva z mikroskopom. Če na primer odvzamemo del tkiva za analizo, lahko histologi z mikroskopom v kombinaciji z drugimi orodji ugotovijo, ali je vzorec rakav.
Pregled forenzičnih dokazov
Dokazi, zbrani na kraju zločina, lahko vsebujejo informacije, ki niso vidne s prostim očesom. Na primer, črte v kroglah lahko pregledamo pod mikroskopom, da ugotovimo, ali se ujemajo z kroglami, izstreljenimi iz določene pištole.
Določanje zdravja ekosistema
Običajno je, da terenski biologi spremljajo zdravje določenega ekosistema, na primer potoka, z uporabo mikroskopov za ugotavljanje števila in raznolikosti organizmov v določeni regiji čas.
Preučevanje vloge beljakovin v celici
Znanstveniki raziskujejo, da so mikroskopi neprecenljivo orodje, ko preučujejo delovanje beljakovin v celicah. Z današnjo tehnologijo lahko številne beljakovine označimo z oznako in jih preučujemo v živih celicah.
Preučevanje atomskih struktur
Zmogljivi mikroskopi, kot so mikroskopi z atomsko silo, so znanstvenikom pomagali pri preučevanju površin posameznih atomov.