Encimi so beljakovine, ki svoje funkcije opravljajo šele, ko so njihove tridimenzionalne oblike nedotaknjene. Zato bo razumevanje zgradbe encimov pomagalo razjasniti načine zaviranja aktivnosti encimov. Drastične temperaturne spremembe, kot sta taljenje ali zmrzovanje, lahko spremenijo obliko in aktivnost encimov. Spremembe pH ali stopnje kislosti okolice encima lahko spremenijo tudi encimsko aktivnost.
Ostati v formi
Encimi so beljakovine, kar pomeni, da imajo specifično tridimenzionalno strukturo, ki določa njihovo katalitično aktivnost. Primarna struktura beljakovin je aminokislinsko zaporedje. Sekundarna struktura proteinov je vodikova vez, ki poteka vzdolž hrbtenice aminokislinskega zaporedja. Terciarno strukturo beljakovine, od koder prihaja aktivnost encima, zadržujejo notranje-molekularne (znotraj molekule) interakcije stranskih verig aminokislin. Na interakcije, ki ohranjajo terciarno strukturo encima, vplivata temperatura in pH.
Taljenje
Encimi so narejeni iz verig aminokislin, ki so narejene iz atomov. Atomi in molekule naravno vibrirajo, vendar preveč vibracij povzroči razvijanje encimov. Ena od temperaturnih sprememb, ki zavira aktivnost encimov, je ogrevanje. Dvig temperature povzroči, da molekule hitreje vibrirajo. Ko pa se temperatura preveč poveča, se encim razkrije. Ta razplet, imenovan denaturacija, povzroči, da encim izgubi svojo tridimenzionalno obliko in s tem aktivnost. Večina živalskih encimov ne deluje nad 40 stopinj Celzija.
Zamrzovanje
Druga vrsta temperaturnih sprememb, ki vpliva na aktivnost encimov, je hlajenje ali zamrzovanje. Tako kot zvišanje temperature molekule hitreje vibrirajo, tudi znižanje temperature upočasni tresljaje. Ko se atomi v encimih preveč upočasnijo ali če zmrznejo, encim ne more opravljati svoje funkcije. Encimi niso togi stroji, čeprav imajo fizično zgradbo. Atomi v encimih, tako kot drugi proteini, običajno vibrirajo. To fleksibilnost potrebujejo za opravljanje svoje funkcije, zmrzovanje pa jim preprečuje, da bi se sploh premikali.
pH
Poleg temperaturnih sprememb bo sprememba kislosti ali pH okolja encima zavirala encimsko aktivnost. Ena od vrst interakcij, ki držijo terciarno strukturo encima, so ionske interakcije med stranskimi verigami aminokislin. Pozitivno nabita aminska skupina se nevtralizira, ko je v interakciji z negativno nabito kislinsko skupino. Sprememba pH, ki je sprememba v količini protonov, lahko spremeni naboje teh dveh skupin, zaradi česar ju medsebojno ne privlačita. Treba je opozoriti, da vsak encim deluje v določenem območju pH, nekaterim je všeč zelo kislo okolje, drugim zelo alkalno ali bazično okolje.