Večino vrst bakterij sestavljajo nevtrofilne in acidofilne heterotrofne bakterije. Izraza "nevtrofilna" in "acidofilna" se nanašata na optimalno raven pH bakterijskih vrst - merilo kislosti ali bazičnosti snovi. Na primer, kis meri kot kislo, soda bikarbona pa kot osnovo. Lestvica pH se giblje od 0 do 14, pri 7 pa pH čiste vode, čisto na sredini.
Nevtrofilni heterotrofi
Večina bakterij, nevtrofilcev, živi v tleh ali vodi in najbolje uspeva pri nevtralnem pH med 6 in 8. Če se pH preveč spreminja zunaj tega območja, nevtrofilne bakterije ne morejo preživeti. Večina bakterij, ki povzročajo bolezni pri ljudeh, so tudi nevtrofilni heterotrofi, ki so primerni za preživetje v človeškem telesu.
Acidofilni heteroterofi
Acidofilne bakterije rastejo bolje pri nižjih ravneh pH, običajno pod pH 6, saj imajo biološke mehanizme, ki jim omogočajo, da ohranijo svoj notranji pH blizu nevtralnega. Drenaža iz kislih rudnikov - onesnažen, zelo kisel odtok iz rudarskih območij - vsebuje veliko populacijo acidofilov, ki oksidirajo sulfid v kovinskih rudah. Po podatkih Science Education Resource Center na Carleton College je acidofilna Ferroplazma, ki jo najdemo v drenaži iz rudnikov kislin, imela pH raven do nič.
Obvezno acidofilni heterotrofi
Za preživetje obvezni acidofili potrebujejo nizek pH pod 4 ali 5. Celična membrana obveznih acidofilov se dejansko raztopi pri nevtralnih ravneh pH, kar povzroči celično smrt. Mnogi obvezni acidofili so tudi termofili - organizmi, ki najbolje uspevajo pri visokih temperaturah - in jih pogosto najdemo v vulkanskih tleh. Thiobacillus ferrooxidans se verjetno uvršča med najpogosteje preučevane acidofilne bakterije, ki oksidirajo železo.