Tris ali tris (hidroksimetil) aminometan je pogost biološki pufer, ki se uporablja v celotnem postopku ekstrakcije DNA. Med pridobivanjem iz katerega koli števila virov je DNA občutljiva na pH. Med lizo celic, odstranjevanjem neželenih celičnih komponent in obarjanjem se tris uporablja za vzdrževanje stabilnega pH. Poleg tega ima še posebej pomembno vlogo pri lizi celic.
TL; DR (predolgo; Nisem prebral)
Ekstrakcija DNK je postopek, občutljiv na pH, in uporaba tris pufra pomaga, da pH ostane stabilen pri lizi in ekstrakciji celic.
Tris kot pufer
Ker lahko pH vpliva na številne celične dejavnike in nanj vplivajo, je vzdrževanje stabilnega pH bistveno za eksperimentalno znanost. Biološki puferji, kot je tris, so pomembni, ker lahko vzdržujejo stabilen pH kljub vplivom, ki bi lahko pH spremenili. Tris (hidroksimetil) aminometan s pKa 8,1 je učinkovit pufer med pH 7 in 9. Zaradi nevtralnega območja je tris pogosto uporabljen blažilnik v bioloških laboratorijih. Vendar je tris pufer občutljiv na temperaturo in ga je treba uporabljati pri temperaturi, pri kateri je bil prvotno pH, da se prepreči netočnost.
Liza celic
Liza ali razbijanje celic je prvi korak ekstrakcije DNA. To dosežemo z pufrom, ki vsebuje tris in EDTA (etilendiamintetraocetna kislina). EDTA veže dvovalentne katione, kot sta kalcij in magnezij. Ker ti ioni pomagajo ohranjati celovitost celične membrane, njihovo odstranjevanje z EDTA destabilizira membrano. Tris je glavna komponenta medpomnilnika; njegova glavna vloga je vzdrževanje pH pufra na stabilni točki, običajno 8,0. Poleg tega tris verjetno sodeluje z LPS (lipopolisaharidom) v membrani in služi za destabilizacijo membrane naprej.
Tris ščiti DNK pred premiki pH
Ko se celice razbijejo, se njihova DNA in vsebina razlije v pufer. Poleg tega so pogosto vključeni RNaza A (uničuje RNA), proteaze (uničuje beljakovine) in SDS (natrijev dodecil sulfat, solubilizira fragmente membrane). Skupaj lahko ta juha iz celične vsebine ter razdrobljene RNA in beljakovin močno vpliva na pH raztopine. Ker je DNA občutljiva na pH, je za tris pomembno, da juho puferira in pH vzdržuje na enakomerni točki.
Padavine DNA
V zadnji fazi ekstrakcije DNK se iz raztopine ekstrahira sama DNA. V tem trenutku je DNA topna v pufru. Za ekstrakcijo iz raztopine DNK postane netopen z dodajanjem etanola ali izopropanola (izopropil alkohola). Ko to storimo, postane DNA v raztopini očitna kot bela tvarna snov. Čeprav je DNK na ta način lahko izoliran iz preostalih celičnih komponent, ni "uporaben", kadar je netopen. Po izolaciji se alkohol odstrani, DNA pa je treba vrniti v biološki pufer, kot je tris, da ga uporabimo.
Naredi sam
Čeprav se ekstrakcija DNK pogosto izvaja v raziskovalnih laboratorijih, na splošno se uporablja ena od številnih komercialno na voljo kompleti, lahko vsakdo ekstrahira DNA doma z običajnimi gospodinjskimi predmeti in zeleno grah ali špinača. V tem primeru tris in noben biološki pufer ni prisoten za zaščito DNA pred premiki pH. Vendar je to vizualni način, kako učencem pomagati pri povezovanju s celično DNA.