Morda je najpomembnejši način, kako se spore plesni razlikujejo od bakterijskih endospor, ta, da plesni uvrščamo med tako imenovane višje glive. Kot taki vsebujejo tisto, kar biologi imenujejo evkariontski tip celic. Bakterijski endospori pa nastajajo iz bakterij, ki so - kot skupina - razvrščene kot prokariontske celice. Razlika med prokariontsko in evkariontsko celico je bistvena v biologiji. Najočitneje je bakterijska celica strukturno veliko preprostejša.
Eukariontska celica - kot tiste v sporih plesni - je polna kompleksa celičnih struktur, imenovanih organele. Organele izvajajo vse vrste celičnih funkcij in eno najbolj opaznih organelov je jedro. Evkariontsko celično jedro plesni spore vsebuje DNA, ki celici omogoča delovanje in razmnoževanje. To je v nasprotju z bakterijskimi endosporami, pri katerih je DNA bolj ali manj prosta v citoplazmi celice.
Poleg jedra celica spore evkariontske plesni vsebuje takšne organele, kot je endoplazemski retikulum ali ER. ER je v bistvu kot labirint zloženih membran, v katerem se izvajajo številni biokemični procesi, pomembni za celico. V sporih plesni je ER povezan z jedrsko ovojnico, membrano, ki obdaja celično jedro. V bakterijskih endosporah ta ureditev manjka.
Bakterijske endospore nimajo skoraj nobene stopnje celične prefinjenosti v evkariontskih sporih plesni. Druga razlika med bakterijskimi endosporami in spori plesni - poleg njihove osnovne razlike v tipu celic - je vloga, ki jo imajo v življenju svojih organizmov. Bakterijska endospora je odporna struktura, ki nastane v celici bakterije. Za razliko od trosov plesni je bakterijska endospora posebej prilagojena za odpornost na neugodne okoljske razmere. Ključna značilnost bakterijskih endospor je spojina, imenovana dipikolinska kislina. Ta spojina, čeprav ne prevladuje v sporih plesni, je ključnega pomena pri posredovanju odpornosti bakterijskih endospor na neugodne okoljske razmere.
Obstajajo številne druge razlike med bakterijskimi endosporami in spori plesni. Večina jih je spet povezana s temeljnim razlikovanjem med evkariontsko in prokariontsko celico. Številne druge organele poleg že opisanih so prisotne v sporih plesni, v bakterijski endospori pa jih ni. Sem spada struktura, imenovana Golgijev aparat, in drugi, kot je tako imenovani nukleolus. Nukleolus je struktura znotraj jedra evkariontskih celic in je aktiven pri sintezi beljakovin, ki je ključnega pomena za delovanje celic. Bakterijske endospore opravljajo številne enake bistvene življenjske funkcije kot spore plesni, vendar to brez prednosti prefinjenih organelov, ki jih vsebuje plesen.