Čeprav atomi elektronov neposredno sodelujejo v kemičnih reakcijah, igra vlogo tudi jedro; v bistvu protoni "postavijo sceno" za atom, določajo njegove lastnosti kot element in ustvarjajo pozitivne električne sile, uravnotežene z negativnimi elektroni. Kemične reakcije so električne narave; tako pozitivni kot negativni delci v atomu narekujejo, kako tvori molekule z drugimi atomi.
Kemične reakcije
Kemija bolj kot jedro vključuje elektrone; atomi pridobivajo, izgubljajo in delijo elektrone z drugimi atomi, tvorijo molekule. Pri tistih elementih z veliko elektroni v kemijskih reakcijah sodelujejo le najbolj oddaljeni; tisti, ki so bližje jedru, so tesneje vezani na atom in se manj sposobni premikati na druge atome. Čeprav jedro vpliva na kemijske lastnosti atoma, kemične reakcije jedra nikakor ne spremenijo.
V Jedru
Jedro atoma sestavljajo protoni in nevtroni; protoni imajo pozitiven električni naboj, nevtroni pa ga nimajo. Protoni in nevtroni imajo podobno maso, pri čemer ima vsak približno 2000-krat maso elektrona. Delce drži skupaj privlačnost, imenovana močna sila, ki je močnejša od električna odbojnost, ki bi sicer povzročila, da bi pozitivno nabiti protoni odleteli od vsakega drugo.
Protoni, nevtroni in kemija
V jedru protoni izvajajo pozitiven električni naboj, privabljajo negativni naboj elektronov in odbijajo pozitivne naboje jeder bližnjih atomov. Vlečenje vrvi med pozitivnimi in negativnimi silami je pomembno v mnogih pogledih kemije, vključno z določanje tališč in vrelišč, topnost ene snovi v drugi in oblike molekul. Po drugi strani pa nevtroni brez naboja delujejo kot "tihi partnerji", ki ne vplivajo na kemijske lastnosti.
Ioni
V nevtralnem atomu je število protonov in elektronov enako; ravnovesje električnih nabojev, kar daje atomu neto naboj nič. Ion pa ima bodisi premalo ali preveč elektronov, ki ravnotežje premika pozitivno ali negativno. Pozitivnemu ionu na primer manjka en ali več elektronov; sosednji atomi "čutijo" pozitivni električni naboj iz protonov v njegovem jedru. Negativni in pozitivni ioni se močno privlačijo in tvorijo ionske trdne snovi, kot je sol natrijevega klorida.