Lyse je beseda, ki izhaja iz grščine in pomeni zgolj "razcepiti" ali "počiti." se nanaša na tisto, kar se zgodi s celicami v liznem puferju, raztopina, ki jih odpre, da jih izloči vsebino. Znanstveniki pri odstranjevanju DNA ali beljakovin iz celic za analizo uporabljajo pufere za lizo, zlasti v primeru bakterij. Vrsta pufra za lizo celic se razlikuje glede na vrsto eksperimenta, čeprav je nekaj pogostih možnosti.
TL; DR (predolgo; Nisem prebral)
Puferji za lizo pomagajo razbiti odprte celice, tako da je do njihove vsebine mogoče dostopati ali jih odstraniti. Nekateri primeri vključujejo soli, detergente, kelatna sredstva in zaviralce ter nekatere alkalne kemikalije.
Pufer in sol
Puferji stabilizirajo pH, medtem ko se celice delijo. Tris-HCL je ena najpogostejših kemikalij za pufriranje pri pH 8. HEPES je še ena pogosta puferska kemikalija v teh poskusih. Sol natrijevega klorida lahko tudi poveča ionsko jakost, skupno koncentracijo topljenih snovi zunaj celic. Ta zadnja točka je pomembna, saj lahko voda difundira po celičnih membranah od območij z nizko koncentracijo topljene snovi do območij z visoko koncentracijo topljencev.
Raztapljanje detergentov
Detergenti raztopijo celične membrane, tako da lahko vsebina celice uhaja. Imajo in amfipatično molekularno strukturo (tj. Molekule z enim koncem, ki zlahka komunicira z molekulami vode, medtem ko drugi hidrofobni ali "vodobojni" konec ne). Maščobe lahko raztopijo tako, da tvorijo micele, majhne skupke, kjer hidrofobni repi molekul detergenta kažejo navznoter proti molekulam maščob. Pogosti detergenti vključujejo natrijev dodecil sulfat ali SDS, NP-40 in tritonX.
Kelatna sredstva in inhibitorji
Puferi za lizo običajno vključujejo tudi kelatna sredstva, kot sta etilendiamintetraocetna kislina (EDTA) ali etilen glikol tetracetna kislina (EGTA). Te kemikalije se vežejo na kovinske ione z dvema pozitivnima nabojema (npr. Magnezij in kalcij), zaradi česar niso na voljo za druge reakcije. Številne DNAze (beljakovine, ki žvečijo DNA) in proteaze (beljakovine, ki razrežejo druge beljakovine) potrebujejo magnezijeve ione, da zato jim EDTA in EGTA z odvzemom te ključne sestavine pomagata zmanjšati raven proteaze ali DNAse dejavnosti. Ne izključujejo pa je povsem, nekatere proteaze pa niso odvisne od magnezijevih kofaktorjev, zato lizni puferji včasih vključujejo tudi kemikalije, imenovane zaviralci proteaz, ki se vežejo na proteaze in jim preprečujejo delovanje pravilno.
Alkalna liza
Alkalna liza, zelo pogosta tehnika za čiščenje plazmidov pred bakterijami, vključuje tri raztopine. Prva vsebuje glukozo, tris-HCL pufer, EDTA in RNAze. Glukoza ustvarja visoko koncentracijo topljenega sredstva zunaj bakterij, zato postanejo nekoliko ohlapne, zaradi česar jih lažje lizirajo. EDTA in tris-HCL delujeta, kot je že opisano, medtem ko bo RNAza žvečila katero koli RNA znotraj celice, da jo umakne s poti. Druga raztopina dejansko lizira celice. Ta vsebuje detergent SDS in NaOH, ki zviša pH na 12 ali več, denaturira beljakovine v celici in povzroči, da se DNA loči v posamezne verige. Tretja raztopina vsebuje kalijev acetat za obnovo pH na bolj nevtralno raven, tako da se lahko verige plazmidne DNA spet združijo. Medtem se denaturirani proteini strdijo in oborijo, medtem ko dodecil-sulfatni ioni prihajajo skupaj s kalijevimi ioni tvori netopno spojino, ki se oborina tudi izloči iz raztopine.