Transmisijski elektronski mikroskop (TEM) in skenirni elektronski mikroskop (SEM) sta mikroskopski metodi za ogled izjemno majhnih osebkov. TEM in SEM lahko primerjamo pri metodah priprave vzorcev in aplikacijah posamezne tehnologije.
Obe vrsti elektronskih mikroskopov bombardirata primerek z elektroni. TEM je primeren za preučevanje notranjosti predmetov. Barvanje zagotavlja kontrast, rezanje pa ultra tanke vzorce za pregled. TEM je primeren za preiskovanje virusov, celic in tkiv.
Vzorci, ki jih pregleda SEM, zahtevajo prevodno prevleko, kot je zlato-paladij, ogljik ali platina, da zberejo odvečne elektrone, ki bi zakrili sliko. SEM je zelo primeren za ogled površine predmetov, kot so makromolekularni agregati in tkiva.
Elektronska pištola proizvaja tok elektronov, ki jih fokusira leča kondenzatorja. Kondenzirani žarek in oddani elektroni objektiv usmerita v sliko na fosfornem slikovnem zaslonu. Temnejša področja slike kažejo, da je bilo oddanih manj elektronov in da so ta območja debelejša.
Tako kot pri TEM tudi elektronski žarek tvori in zgosti leča. To je smer objektiva za SEM. Druga leča tvori elektrone v tesen, tanek žarek. Niz tuljav skenira žarek na podoben način kot televizija. Tretja leča usmerja žarek v želeni del vzorca. Žarek lahko prebiva na določeni točki. Žarek lahko skenira celoten primerek 30-krat na sekundo.