Odnosi med različnimi živalmi se vzpostavijo s taksonomijo. Taksonomija je klasifikacija živih bitij. Te razvrstitve so razčlenjene, kot sledi, od največje skupine do posamezne živalske vrste: kraljestvo, rod, podfil, razred, vrstni red, družina, rod, vrsta. Živali, ki spadajo v isto vrsto, so si zelo sorodne, živali v istem kraljestvu pa zelo oddaljene. Na primer, vse živali so del enega kraljestva, Animalije, in vse rastline so v kraljestvu Plantea.
Vsi pajki in raki so v vrsti Arthopodia, tako kot vsi žuželke. Členonožce fizično odlikuje dejstvo, da imajo vsi segmentirane, spojene noge in imajo eksoskelet. Raki in pajki so sicer združeni v isti rod, vendar to ne pomeni, da so nujno tesno povezani. Na primer, vse živali s hrbtenico so v vrsti Cordata. Jasno pa je, da čeprav imajo ribe in opice bodice, so si zelo različne.
Delitev med pajki in večino rakov se zgodi na ravni podfilma. Pajki so v podfilmu Cheilcerata, medtem ko je večina rakov v podfilmu Mandibulata. Razlika je predvsem v tem, da imajo raki spodnjo čeljust, vrsto čeljusti, pajki pa chelicere, ki so deli ust, ki se pojavijo pred usti. "Fangs" pajkov so chelicerae.
Podkve so v istem podfilu kot pajki, Cheilcerata. Zaradi tega so podkve raki tesneje povezane s pajki kot celo z drugimi raki. Tako kot pajki tudi podkve nimajo spodnje čeljusti in imajo pred ustnicami kelikere. Pajki in podkve so razdeljeni na ravni razreda. Pajki spadajo v razred Arachnida, podkve pa v razred Merostomata.
Nekoč je obstajalo drugo rakovito bitje, ki je uvrščeno tudi v podfilm Cheilcerata. Ti se imenujejo "morski škorpijoni". Izumrli so pred približno 250 milijoni let. Ti "škorpijoni" so imeli na hrbtu repa večje žalo in so narasli na več kot 6 metrov v dolžino. Zaradi tega so morda največji členonožci, ki so kdajkoli živeli. Njihova vključitev v podfilm Cheilcerata naredi te starodavne rakovite škorpijone tudi tesneje povezane s pajki kot z raki.