Čeprav se zdi, da globoko, temno okolje jam ne more nikoli podpirati rastlinskega življenja, v tem okolju uspevajo nekatere vrste flore. Jame so ponavadi vlažne in imajo stalno temperaturo, kar je ekologija, ki je idealna za rastline, kot so glive, mahovi in alge. Rastline lahko rastejo celo v električnih lučeh, ki jih ljudje nosijo s seboj za raziskovanje jam.
Jamska območja
Jame so razdeljene na tri cone: vhod, mrak in tema. Vhodno območje ima še vedno veliko svetlobe za podporo številnim vrstam rastlin, kot so drevesa in trave. V coni mraka lahko prodre nekaj svetlobe, vendar ni dovolj za podporo večini vrst rastlinskega življenja. Vendar pa nekatere rastline lahko preživijo na tem območju, na primer mahovi in praproti. Temno območje nima naravne svetlobe in lahko podpira samo najbolj trpežne rastline, kot so glive in alge.
Rastline v coni mraka
Ko se količina svetlobe zmanjšuje, se zmanjšujeta tudi velikost in kompleksnost rastlinskega življenja. Čeprav v vhodnem območju rastejo cvetoče rastline, je območje mraka običajno označeno z mahovi in praproti. Rastline, ki živijo v tem predelu jame, so razvile prilagoditve, ki jim omogočajo življenje v takih razmerah s slabo svetlobo. Ena takšnih prilagoditev je, da se njihovi kloroplasti, molekule, ki zajemajo sončno svetlobo v rastlini, zberejo na robu celice, ki je najbližje viru svetlobe.
Rastline v temnem območju
Čeprav v temnem pasu skoraj ni svetlobe, lahko rastline še vedno rastejo. Zlasti glive spretno živijo v teh temnih krajih. Glive uspevajo še posebej dobro, ker so jame polne gnoja netopirjev, bogatih s hranili, kot nalašč za gobe. Alge lahko živijo tudi v najtemnejših delih jam. Namesto fotosinteze lahko te alge uporabljajo drugačno presnovno pot za proizvodnjo svoje energije.
Lampenflora
Rastline lahko rastejo tudi v jamah, opremljenih z električnimi lučmi. Te rastline, znane kot lampenflora, so ponavadi manj živahne barve in nekoliko iznakažene. Običajno so lampenflore mahovi, praproti in alge. V jamah, ki jih nenehno osvetljujejo svetilke, lahko te invazivne rastline povzročijo težave v naravni strukturi jame ali kateri koli prazgodovinski obzidju. Zaradi škodljive narave lampenfloro običajno nadzorujemo s fizikalnimi, kemičnimi in biološkimi metodami.
