Na Zemlji je pet biomov: vodni, puščavski, gozdni, travniški in tundrski. Z vodo, ki pokriva skoraj 75 odstotkov zemeljske površine, je vodni biom največji. Obstajata dve kategoriji vodnih biomov: sladkovodni in morski.
Sladkovodni vodni biomi
V sladkovodnih regijah je manj kot 1 odstotek vse vode na Zemlji, vendar zagotavljajo večino naše pitne vode in podpirajo skoraj polovico števila rib na Zemlji. Sladka voda ima nizko koncentracijo soli, običajno manj kot 1 odstotek. Obstajajo tri sladkovodne cone: ribniki in jezera, potoki in reke ter mokrišča. Vsaka ponuja življenjski prostor za določene vrste rastlin, tako ukoreninjene kot plavajoče. Ukoreninjene rastline pogosto živijo popolnoma potopljene in dobijo manj sončne svetlobe, zato so manj produktivne.
Ribniki in jezera so stoječe sladke vode z ločenimi območji, ki podpirajo različne vrste rastlin. Voda v bližini obale je plitva in topla, v njej živijo alge ter ukoreninjene in plavajoče vodne rastline. Ukoreninjene rastline lahko vključujejo mačji rep in več vrst vodnih trav. Te rastline pomagajo zmanjšati erozijo in zagotavljajo življenjski prostor divjim živalim in hrano vodnim pticam. Plavajoče rastline so bodisi zakoreninjene v usedlinah, kot je vodna lilija, ali pa prosto plavajoče, kot sta vodni hijacinta in vodna solata. Plavajoče rastline pogosto prispevajo ruševine, ki prispevajo k usedlinam in naredijo vodo plitvo.
Globlje vode so dom potopljenim rastlinam, ki koreninijo v sedimentu spodaj. Noben del teh rastlin se ne dvigne nad vodo. Primeri potopljenih rastlin so travna trava in hidrila. Te potopljene rastline niso le življenjski prostor za vodne organizme, ampak pomagajo tudi stabilizirati obale in izboljšati bistrost vode.
Središče, kjer je jezero običajno najgloblje, na splošno zagotavlja ugodne pogoje le za alge ali fitoplanktone. Alge lahko rastejo v grozdih in tvorijo preproge ali se pritrdijo na rastline ali celo na dno jezera.
Potoki in reke se začnejo pri reki in tečejo v eno smer, dokler se običajno ne končajo v ustju nahaja na križišču druge večje plovne poti ali oceana, njihove značilnosti pa se spreminjajo pot. Voda je pri izviru hladna in bistra, na sredini pa se navadno razširi. Preden se usta usta ustavi, se lahko večkrat razširi in zoži. Na širših delih je večina rastlinskega sveta, vključno z zelenimi rastlinami in algami. Voda ima na tej točki več hranil, počasneje se giblje in je plitvejša in toplejša. V bližini ust nabrani usedline zmanjšajo količino kisika in preprečujejo svetlobi, da bi dosegla dno, in tam zavirajo rast rastlin.
Mokrišča, območja stoječih voda, kot so močvirja, močvirja in barja, so praviloma sladkovodna, toda nekatera, na primer slana, imajo visoke koncentracije soli. Barje je običajno pokrito z vodo vse leto, rastline pa vzniknejo (listi in stebla prihajajo nad gladino vode), vključno z ribniki, lišaji, šaši, tamarakom in črno smreko. Močvirja, gozdnata mokrišča, so dom dreves in grmovnic, ki prenašajo poplavljene razmere, kot so plešasti cipres in vrbiška vrba, pa tudi nekatere vrste trte in plavajočih rastlin. Barje vodo dobi samo iz dežja in snega. Ker ponuja malo hranilnih snovi, lahko podpira samo rastline, kot sta mah sfagnum in čaj labrador.
Morski vodni biomi
Morski biom je največji izmed vseh ekosistemov in vključuje ne le obalno in odprto oceansko območje, temveč tudi koralne grebene in izlive. Morske alge oskrbujejo večino kisika na svetu.
Tako kot v jezerih in ribnikih se tudi v oceanih rastlinsko življenje razlikuje glede na lokacijo. Tam, kjer se ocean sreča s kopnim, se valovi premikajo in izstopajo, zaradi česar se obalna skupnost nenehno spreminja. Valovi povzročajo premikanje blata in peska, zato se alge in rastline težko, če ne celo nemogoče, uveljavijo. Območja, ki jih morje doseže le ob plimovanju, na splošno podpirajo alge; območja, ki so izpostavljena le med oseko, ustvarjajo ugodne pogoje za morske alge.
Odprte oceanske vode so hladnejše; površinske morske alge ali plankton so tu pogosti. Globine oceana so še hladnejše in prejemajo manj sončne svetlobe; fitoplankton raste na površini, tu pa raste malo potopljenih rastlin.
Koralni grebeni obstajajo v toplih, plitvih vodah, kot ovire vzdolž celin, poleg otokov ali obstajajo samostojno kot atol. Ustja nastanejo tam, kjer se sladkovodni potoki ali reke združijo z oceanom. Združevanje koncentracije soli podpira mikrofloro, kot so alge, pa tudi makrofloro, kot so morske alge, močvirske trave in v tropskih predelih mangrove.