Zelo malo bakterij proizvaja endospore. Le nekatere od vrst v Firmicute tilu proizvajajo endospore, ki so nerazmnoževalne strukture, ki vsebujejo DNA in del citoplazme. Endospore niso prave spore, saj niso potomci bakterije. Endospore nastajajo, kadar so bakterije izpostavljene ekstremnim ali neugodnim okoljskim razmeram. Lahko preživijo dlje časa, tudi če so brez hrane in izpostavljeni kemikalijam in temperaturam, ki bi običajno uničile bakterije.
Bacil Bakterije
Bakterije v rodu Bacillus so najpogosteje preučevane med vsemi bakterijami, ki proizvajajo endospore. Bakterije Bacillus so raznolike in uspevajo v številnih različnih okoljih. Endospore te bakterije so zelo strupene za številne organizme, vključno z ljudmi. Patogen Bacillus anthracis je dobro znan toksin, ki so ga uporabljali tako znanstveniki kot teroristi. Vendar pa obstaja veliko drugih vrst Bacillus.
Clostridium bakterije
Tako kot druge vrste bakterij, ki proizvajajo endospore, so tudi bakterije Clostridium gram pozitivne, kar kaže na to, da imajo podobne značilnosti, kot je struktura celične stene. Gram-pozitivne bakterije so občutljive na enake ali tesno povezane antibiotike. Bakterije iz rodu Clostridium so odgovorne za široko paleto človeških bolezni, od blage zastrupitve s hrano do botulizma ter tetanusa in plinske gangrene.
Desulfotomaculum Bakterije
Podobno kot druge bakterije, ki proizvajajo endospore, so tudi bakterije iz roda Desulfotomaculum odgovorne za kvarjenje hrane in bolezni. Bakterije desulfotomaculum lahko povzročijo, da se hrana v pločevinkah pokvari. Tam, kjer jih je v izobilju, proizvedejo neprijeten vonj, podoben žveplu.