Vedecké modely aproximujú trendy a procesy v reálnom svete. Ako vyjadrenia sú nevyhnutne neúplné a môžu byť vyvrátené. Modely sú však mimoriadne užitočné z mnohých dôvodov. Po prvé, poskytujú spôsob pochopenia procesov, ktoré by inak mohli byť mimo rámca ľudí. Po druhé, poskytujú vedcom základ pre ďalšie experimenty a hypotézy.
Bez modelov by mnoho procesov v prírodnom svete zostalo tajomných. Aj keď sú modely čiastočné a potenciálne chybné, predstavujú svet spôsobom, ktorému môžeme rozumieť. Napríklad Bohrov model atómu predstavuje významné zjednodušenie štruktúry atómu. Tento model nám však pomáha konceptualizovať atóm ako pevne zabalené jadro obklopené elektrónmi na obežnej dráhe.
Pre vedeckú metódu sú rozhodujúce modely. Nikdy sa nikdy nepreukáže, že sú správne. Nezrovnalosti modelu možno odhaliť testovaním alebo pozorovaním. Potom sa musí vytvoriť nový model. Napríklad Ptolemaiovský model planetárneho pohybu naznačoval, že planéty a slnko cestujú okolo Zeme. To však nemohlo zodpovedať za množstvo pozorovaných javov, ako sú napríklad fázy Venuše. Preto sa Koperníkov model slnečnej sústavy dostal do popredia.