Vedci používajú prietokovú cytometriu na rozlíšenie medzi rôznymi typmi buniek alebo mikroskopických organizmov. Je to nástroj používaný v mnohých aplikáciách, ako je lekárska diagnostika alebo forenzná patológia. Aj keď je táto experimentálna technika pomerne jednoduchá, je možné vykonať analýzu komplexných údajov prietokovým cytometrom je náročnejšia z dôvodu viacerých experimentálnych faktorov a / alebo cytometra parametre. Preto je rutinné vizualizovať a analyzovať cytometrické údaje pomocou sofistikovaných profesionálnych programov, ako sú CELLQuest alebo FlowJo. Znalosť postupov, prístrojov a softvéru prietokovej cytometrie je nevyhnutná na pochopenie výsledkov, ktoré tieto techniky poskytujú experimenty.
Objasnite cieľ experimentu otázkou: „Aká otázka alebo hypotéza sa skúmala?“ Toto bude potrebné na úpravu nespracovaných výsledkov do vhodného formátu a nastavení pre ďalšiu analýzu pomocou štatistickej cytometrie softvér. Vykonajte všetky potrebné zmeny, aby sa údaje zobrazili s príslušným nastavením (napr. Pozitívne bunky, negatívne brány, intenzita fluorescencie, bunkové populácie atď.).
Nájsť brány. Bunky môžu byť zoskupené alebo jednoducho pozorované zoskupené na grafe hustoty alebo obrysovom diagrame. Skupiny sa často oddeľujú v závislosti od svojej identity. Ak sa jedna skupina veľmi intenzívne farbí na konkrétny marker alebo protilátku, vyvodzuje sa záver, že členovia tejto skupiny majú identitu špecifického bunkového typu, ktorý tento marker exprimuje. Je bežné nájsť bunky, ktoré sú pozitívne na viac ako jeden z týchto markerov, a tieto bunky sú zvyčajne prechodné a označujú sa ako „dvojité pozitívne“.
Pozri sa na scattergraphs. Spôsob, akým sa skupiny buniek šíria v bodovom grafe, naznačuje veľkosť buniek. Bunky s veľmi veľkými alebo vysokými rozptylmi sú zvyčajne veľké bunky; môžu však byť veľké jednoducho preto, že obsahujú vysoký podiel cytoplazmy, alebo môžu byť vysoké, pretože majú veľmi veľké jadro. V závislosti od skúmanej biológie sa to samozrejme bude medzi experimentmi veľmi líšiť.
Pozrite sa na čísla. Upravte grafy tak, aby sa na jednej osi (zvyčajne na osi X) zobrazovali rôzne parametre, pričom počty na osi Y zostávajú. Toto označuje pomer populácie vzorky, ktorá je pozitívna pre daný konkrétny parameter, ako a pík bude normálne pozorovaný v pozitívne zafarbenej vzorke, ktorá bude chýbať v negatívnej kontrole vzorka.
Pozrite sa na histogramy s viacerými parametrami. Nastavením osi X a osi Y predstavuje každý iný parameter, ktorý bol počas experimentu je možné hlbšie porozumieť vlastnostiam vzorky. Napríklad nastavením osi X na červenú fluorescenciu a osi Y na zelenú fluorescenciu je možné vypočítať brány v kvadrantovom tvare pre vzorka, aby ukázala štyri oblasti kvadrantu, v ktorých sú bunky prítomné a zafarbené buď na červenú alebo zelenú fluorescenciu, obidve farby alebo žiadne na všetko. To umožňuje rozdeliť heterogénnu vzorku na jednotlivé súčasti a vizualizovať a kvantifikovať všetky prekrývajúce sa entity.
Referencie
- „Analýza údajov o prietokovej cytometrii“; Susan Sharrow; 1991
- „Prietoková cytometria: prístrojové vybavenie a analýza údajov“; Marvin Van Dila; 1985
- „Protokoly prietokovej cytometrie“; Teresa a Robert Hawley; 2004
O autorovi
Palmer Owyoung je držiteľom titulu Master of Arts v medzinárodnom obchode na Kalifornskej univerzite v San Diegu a Bakalár umenia v sociológii na Kalifornskej univerzite v Santa Barbare a je vyštudovanou molekulou biológ. Od roku 2006 je spisovateľom na voľnej nohe. Okrem písania sa venuje obchodovaniu na Forex-e na plný úväzok a internetovému marketingu.
Fotoúvery
Polka Dot RF / Polka Dot / Getty Images