Baktérie sú malé jednobunkové organizmy, ktoré sú prospešné aj škodlivé pre človeka. Niektoré formy baktérií nám pomáhajú žiť, napríklad také, ktoré pomáhajú rozkladať potravu v našich črevách. Iné formy, ako napríklad baktérie, ktoré spôsobujú bubonický mor, môžu človeka zabiť, ak nie sú liečené. Existuje veľa rôznych druhov baktérií, ktoré dýchajú rôznymi metódami. Dve primárne metódy bakteriálneho dýchania sú aeróbne dýchanie a anaeróbne dýchanie.
Aeróbne dýchajúce formy baktérií si na svoj život vyžadujú kyslík. Využívajú kyslík ako palivo, ktoré im pomáha spaľovať energiu a dodáva im energiu potrebnú pre život. Tento typ bakteriálneho dýchania je rovnakého druhu, aký používajú ľudia, preto sa mu hovorí „aeróbne cvičenie“. Hlavným vedľajším produktom aeróbneho dýchania baktérií je oxid uhličitý.
Mnoho druhov baktérií dýcha anaeróbne. Inými slovami, môžu prejsť procesom dýchania bez prítomnosti kyslíka. Namiesto použitia kyslíka, ktorý im pomáha spaľovať energiu v potrave, používajú tieto druhy baktérií iné prirodzene sa vyskytujúce chemikálie na vytváranie chemických reakcií a uvoľňovanie potrebnej energie. Medzi bežne používané chemikálie, ktoré sa vyskytujú v prírode, patria dusičnany, sírany a oxid uhličitý. Anaeróbne dýchanie v baktériách všeobecne vytvára veľa vedľajších produktov. Mnohé z týchto vedľajších produktov môžu byť pre človeka toxické alebo nebezpečné a zahŕňajú etanol a vodík.