Úrovne klasifikácie mikrobiológie

V 19. storočí bola v biológii zúrivá taxonómia - klasifikácia živých organizmov. Amatérski aj profesionálni prírodovedci boli tak chytení v šialenstve zhromažďovania a identifikácie tvorov, vzácnymi chrobákmi boli horúce komodity. V tom čase sa vedelo len málo o mikroorganizmoch a ich mieste vo svete živých vecí a klasifikácii mikrobiológie sa nevenovala toľko pozornosti. V uplynulých desaťročiach došlo k dramatickému nárastu znalostí o mikróboch a metódach identifikačných mikroorganizmov, pričom časť tohto zvýšenia sa preukázala účinnou klasifikáciou vírusov mikroorganizmy.

Taxonómia má tri zložky: nomenklatúra, klasifikácia a identifikácia. Nomenklatúra jednoducho priradí meno druhu. Klasifikácia predstavuje zoskupenie druhov podľa spoločných charakteristík - niektoré sú fyzikálne a niektoré biochemické. Identifikácia využíva vlastnosti organizmu na určenie, kam patrí v klasifikačnej schéme. Moderná taxonomická schéma má ako svoju najväčšiu a najucelenejšiu skupinu domény. Najmenšou skupinou je druh. Od najinkluzívnejšej po najšpecifickejšiu úroveň prebieha takto: doména, kráľovstvo, kmeň, trieda, poriadok, rodina, rod a druh. Ste napríklad Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primas Hominidae Homo sapiens.

Mikroorganizmy sú mimoriadne rozmanité. Nie sú definované nijakým konkrétnym druhom štruktúry alebo funkcie, ale iba veľkosťou. Mikroorganizmy sú také rozmanité, že spadajú do všetkých troch rôznych klasifikácií najvyššej úrovne - všetkých troch domén. Jednou doménou sú baktérie, druhou archaea a konečná eukarya. Všetci členovia domén baktérií a archea sú jednobunkové mikroorganizmy. Sú to bunky bez membrán oddeľujúcich svoj genetický materiál od zvyšku bunky - membrány, ktoré definujú jadro. Takže všetky kráľovstvá, phyly, triedy, rády, rodiny, rody a druhy v doménach baktérií a archeaí sú mikroorganizmy.

Eukarya sú organizmy, ktorých bunky obsahujú jadro. Mnoho eukaryotických organizmov sú jednobunkové mikroorganizmy, ale mnoho ďalších - napríklad sekvojové stromy alebo vy - nie. Preto sú potrebné ďalšie klasifikácie. Kráľovstvo Protista v doméne Eukarya sa skladá iba z jednobunkových mikroorganizmov. Protisti sú rozdelení do troch rôznych skupín fyly: štyri rôzne fyly rias, štyri rôzne fyzy prvokov a dve rôzne kmene plesní. Ale všetky organizmy v týchto phylách - všetko v kráľovstve Protista - sú mikroorganizmy.

Kráľovstvo Huby je obsiahnuté v doméne Eukarya. Niektoré z rastlín v hubách obsahujú mikroorganizmy. Napríklad kmeň Zygomycota obsahuje mikroskopické formy na chlieb a kmeň Ascomycota obsahuje kvasinky a mikrobiálnych škodcov a parazity. Lišajníky sú symbiotické usporiadanie huby a fotosyntetického organizmu - obsiahnuté čiastočne v kráľovstve Huby a čiastočne v iných kráľovstvách alebo dokonca v iných doménach.