Geneticky upravené plodiny zahŕňajú odrody kukurice, bavlny a zemiakov. Tieto rastliny majú do svojho genómu vložený bakteriálny gén z Bacillus thuringiensis (Bt). Gén Bt kóduje syntézu toxínu, ktorý zabíja larvy hmyzu. Ostatné plodiny sú geneticky modifikované tak, aby odolali konkrétnemu herbicídu. Aj keď tieto plodiny môžu potenciálne uživiť rastúcu populáciu na svete, predstavujú tiež vážne riziká pre prirodzenú rozmanitosť organizmov alebo biodiverzitu.
Herbicíd
Herbicídy sú toxické pre mnoho druhov. Keď sa herbicíd aplikuje na poľnohospodársku krajinu, škodlivé chemikálie vstupujú do prírodných ekosystémov. Mnoho ľudí verí, že plodiny odolné voči herbicídom podporujú zvýšené používanie herbicídov, a keď sa použije viac herbicídov, ešte viac chemikálií skončí v prírodných systémoch. Tieto chemikálie ničia pôvodné rastliny, ktoré priamo kŕmia zvieratá a choré obojživelníky, čo spôsobuje pokles biodiverzity.
Vonku
Keď gény z geneticky modifikovaných plodín vstúpia do životného prostredia, majú potenciál narušiť prirodzené spoločenstvá rastlín, ohroziť biodiverzitu a vstúpiť do zásob potravy človeka. V septembri 2000 bol v USA v taco škrupinách objavený StarLink, odroda Bt kukurice neschválenej na ľudskú konzumáciu. Počas nasledujúcich mesiacov bol StarLink objavený aj v rôznych výrobkoch zo žltej kukurice, niektoré mimo krajiny. Spočiatku boli niektorí pestovatelia podozriví z ignorovania dohôd o nepredaní spoločnosti StarLink závodom. Z rozhovorov s pestovateľmi však vyplynulo, že mnohí o nich buď nedostali jasné pokyny nepredávať StarLink do mlynov, alebo im bolo oznámené, že neschválená odroda bude schválená zberom čas. Presné body, v ktorých StarLink vstúpil do napájacieho vedenia, zostávajú neznáme a podľa série od spoločnosti Cornell Cooperative Extension’s Projekt zameraný na verejné otázky týkajúce sa geneticky upravených organizmov sa mohol dostať do viac ako polovice kukurice v USA zásoby.
Herbicídna rezistencia
Oblasti, v ktorých pochádzajú druhy plodín, sú obzvlášť citlivé na kríženie s miestnymi odrodami. V Mexiku, kde existuje viac ako 100 jedinečných odrôd kukurice, je geneticky modifikovaná kukurica zakázaná. Napriek zákazu sa v mexickej kukurici našli gény z geneticky upravenej kukurice. Genetici rastlín v U.C. Riverside preukázali, že gén prúdi z mnohých konvenčne chovaných plodín zvyšuje burinu u divých príbuzných a existuje niekoľko prípadov, keď sa stali kultúrne rastliny buriny. Zvýšená burina je obava, keď sú geneticky upravené rastliny schopné prekonať iné druhy produkciou väčšieho množstva semien, ďalším rozptýlením peľu alebo semien alebo intenzívnejším rastom v špecifických množstvách prostrediach. Transgénne slnečnice môžu vyprodukovať o 50 percent viac osiva ako ich tradičné náprotivky a niektoré z nich Vedci sa obávajú, že geneticky modifikované rastliny môžu postupne vytláčať cenné genetické materiály rôznorodosť.
Bt toxín
Toxíny produkované geneticky modifikovanými plodinami ohrozujú biodiverzitu a podľa Sierra Clubu by sa malo genetické inžinierstvo považovať za environmentálne nebezpečné. Štúdia Cornell University ukazuje, že Bt toxín zabíja larvy prospešných necieľových druhov, ako sú mory a motýle. Podobné štúdie naznačujú úbytok ďalších prospešných druhov, medzi ktoré patria aj čipky a lienky. Toxín tiež pretrváva v koreňových systémoch Bt kukurice a v rastlinných zvyškoch dlho po zbere plodín a môže mať škodlivé následky pre milióny mikroorganizmov, ktoré žijú v pôde a udržiavajú ju plodnosť. Keď sa Bt toxín viaže na pôdne častice, môže pretrvávať dva až tri mesiace. To môže mať negatívny vplyv na vodné a pôdne bezstavovce, ako aj na procesy kolobehu živín, ktoré sa vyskytujú u bakteriálnych druhov.