Živé bunky sú dvoch hlavných typov, prokaryotov a eukaryotov. Asi pred 2 miliardami rokov náš svet obývali iba prokaryoti. Hlavný rozdiel medzi prokaryotmi a eukaryotmi je v tom, že eukaryoty majú jadro a prokaryoty nie. V biológii „pro“ znamená „pred“ a „eu“ znamená „pravda“, zatiaľ čo „karyot“ označuje jadro. Biologické dôkazy poukazujú na vývoj väčšieho a zložitejšieho eukaryotu z menšieho a jednoduchšieho prokaryota.
Membrány
Väčšina prokaryotov sú baktérie, zatiaľ čo ľudia, zvieratá, rastliny a huby sú eukaryoty. Prokaryotická bunka má iba jednu membránu, plazmatickú membránu, ktorá obklopuje jej bunkový obsah. Eukaryotická bunka má tiež plazmatickú membránu, ale navyše je naplnená mnohými oddeleniami uzavretými v membráne. Membrány prokaryotickej aj eukaryotickej bunky pozostávajú z lipidovej dvojvrstvy. Pôvod membránových štruktúr v eukaryotickej bunke možno podľa teórie endosymbiózy vysvetliť skorou veľkou prokaryotickou bunkou, ktorá pohltí menšie prokaryotické bunky.
DNA
Prokaryotické aj eukaryotické bunky obsahujú DNA, ktorá riadi činnosť bunky. Rovnaký genetický kód sa používa v prokaryotických a eukaryotických bunkách. Aj keď sa rovnaký druh DNA nachádza v prokaryotických a eukaryotických bunkách, DNA je holá a tvorí a slučka alebo kruh v prokaryotoch, pričom je zložený z lineárnych vlákien a pokrytý proteínom v eukaryoty.
Ribozómy
Prokaryotické aj eukaryotické bunky obsahujú ribozómy. Ribozómy sú tvorené bielkovinami a RNA a sú miestom syntézy proteínov v obidvoch bunkových typoch. Stavebnými kameňmi na výrobu bielkovín sú aminokyseliny. Prokaryotické a eukaryotické bunky používajú na výrobu proteínov rovnakých 20 aminokyselín, čo naznačuje príbuznosť.
Mitochondrie a chloroplasty
Eukaryoty obsahujú mitochondrie alebo chloroplasty. Mitochondrie v živočíšnych bunkách a chloroplasty v rastlinných bunkách vyzerajú ako prokaryoty. Mitochondrie a chloroplasty sú svojou veľkosťou a vlastnosťami podobné prokaryotom. Hlboké záhyby vnútornej mitochondriálnej membrány, ktoré sa nazývajú cristae, pripomínajú záhyby v prokaryotickej bunke, ktoré sa nazývajú mezozómy. Kristy aj mezozómy fungujú v aeróbnom bunkovom dýchaní. Bunkové dýchanie generuje energiu pre bunku alebo organizmus. Pretože aeróbne dýchanie (s použitím kyslíka) poskytuje viac energie ako anaeróbne dýchanie (bez kyslíka), platí teória endosymbiózy. že mitochondrie sa získali, keď anaeróbna prokaryotická bunka pohltila aeróbne prokaryoty a využila tak výhody aeróbneho dýchanie. Chloroplasty, podobne ako mitochondrie, produkujú energiu pre rastlinné bunky. Mitochondrie aj chloroplasty majú svoju vlastnú cirkulárnu DNA a môžu fungovať nezávisle na eukaryotickej hostiteľskej bunke.