Baktérie a iné mikróby sú často spojené s chorobami, majú však dôležitú úlohu v procese recyklácie odpadu. Sú zodpovední za biodegradáciu organických materiálov a recykláciu živín v prírodnom prostredí. Okrem tejto základnej úlohy sú mikróby nevyhnutné aj vo fermentačných fázach recyklácie odpadu, - biologický rozklad ropy v morských ekosystémoch, ktorý je nápomocný pri čistení odpadových vôd a pri výrobe alternatívna energia.
Prirodzená biodegradácia
Mikroorganizmy recyklujú živiny v životnom prostredí rozkladom organických materiálov. Organické materiály, ako napríklad mŕtve telá zvierat a kmene stromov, sa rozpadajú pôsobením rozkladajúcich sa mikróbov, ktoré sú tiež zodpovedné za zbavenie sa priemyselného a domáceho odpadu. Procesom nazývaným biodegradácia používajú mikróby na svoje vlastné prežitie živiny a chemické látky nachádzajúce sa v prostredí. Živiny pochádzajúce z rozkladu týchto produktov sú v životnom prostredí voľné na kŕmenie rastlín alebo rias, ktoré zase kŕmia všetky zvieratá.
Kvasenie
Ľudia už od staroveku používali baktérie, kvasinky a iné mikróby na výrobu mnohých potravín a nápojov. Chlieb je výsledkom mikrobiálnej fermentácie cukrov na produkciu oxidu uhličitého, ktorý sa uvoľňuje v ceste a chlieb stúpa. Mikróby sú tiež zásadné pri výrobe piva a vína a premieňajú cukry na alkohol. Mikrobiálna fermentácia je tiež krokom v priebehu chemického procesu recyklácie odpadu. Aspergillus carbonarius je mikroorganizmus používaný pri biodegradácii chrómových hoblín, ktoré sú súčasťou odpadu z garbiarstva.
Biologický rozklad oleja
Mikroorganizmy spotrebovávajúce uhľovodíky, ako napríklad Alcanivorax borkumensis, sa používajú na čistenie ropných škvŕn, najmä v hlbokých vodách. Podľa článku publikovaného v časopise „Scientific American“ sú mikróby jediným procesom, ktorý rozkladá mikroorganizmy olej hlbšie vo vode, zatiaľ čo na povrch je možné aplikovať fyzikálne procesy, ako je odparovanie alebo vlny vody. Baktérie rozkladajú kruhové štruktúry uhľovodíkov v oleji pomocou enzýmov a kyslíka obsiahnutých v morskej vode. Baktérie konzumujúce ropu sa prirodzene vyskytujú v každom oceáne sveta, od Arktídy po Antarktídu.
Výroba energie
Pri degradácii odpadu z pivovaru a iných organických materiálov môžu mikróby produkovať plynný metán, hlavnú zložku zemného plynu. Od februára 2011 vedci z Cornell University v New Yorku taktiež skúmajú využitie mikrobiálnych spoločenstiev na výrobu kvapalných biopalív, uvádza Science Daily. Anaeróbne mikroorganizmy, ktoré žijú v prostredí pôsobiacim na kyslík, môžu tiež premieňať zmes hnoja a energetických plodín, ako napríklad:
- cukrová trstina
- kukurica
- do elektriny