Klonovanie je vo vedeckej komunite horúcim etickým problémom, ale baktérie sa klonujú stále. V procese zvanom binárne štiepenie jedna baktéria zdvojnásobuje svoju veľkosť a genetický materiál a potom sa štiepi, aby vytvorili dve identické bunky.
V porovnaní s delením eukaryotických buniek alebo mitózou je binárne štiepenie pomerne jednoduchý proces. Najskôr baktéria kopíruje svoju DNA - genetický materiál, ktorý je v baktériách kruhový. DNA poskytuje všetky informácie potrebné na vytvorenie identickej bunky. DNA sa potom segreguje na opačných koncoch bunky a proteíny potrebné na bunkové delenie sa zhromažďujú v strede bunky. Baktéria zvyčajne zdvojnásobuje svoju intracelulárnu tekutinu, ktorá sa nazýva cytoplazma. Proteíny štiepia bunku na dve časti a vo väčšine baktérií sa na dokončenie rozdelenia vytvorí nová bunková stena.
Výhodou binárneho štiepenia z pohľadu baktérií je, že je rýchle a jednoduché. Z hľadiska kontroly a prevencie chorôb je binárne štiepenie výhodné, pretože zjednodušuje výrobu liekov. Na liečbu bakteriálnej infekcie je zvyčajne potrebný iba jeden liek, pretože všetky baktérie sú identické a budú reagovať rovnakým spôsobom. Bohužiaľ však niektoré baktérie vyvíjajú rezistenciu na lieky mutáciou, ktorá sťažuje liečbu infekcií.