Mikroorganizmy nachádzajúce sa v odpadových vodách pochádzajú z dvoch zdrojov - pôdy a sanitárneho odpadu. Podľa webovej stránky Mountain Empire Community College jeden mililiter splaškových vôd obsahuje zvyčajne 100 000 až 1 milión mikroorganizmov. Zatiaľ čo väčšina z týchto organizmov, ako sú rôzne druhy baktérií, zohrávajú kľúčovú úlohu pri rozklade odpadu a sú považované za neoddeliteľnú súčasť organickej hmoty, niektoré sú patogénne alebo prenášajú choroby a predstavujú hrozbu pre verejnosť vresovisko
Parazitické baktérie
Baktérie sú jednobunkové organizmy, ktoré sa množia v suspendovanej látke, napríklad v kale. Keď narazia na prísun živín, kŕmia sa prijímaním potravy priamo cez bunkovú stenu a rýchlo sa množia. Spomedzi mnohých druhov baktérií v odpadových vodách sú najbežnejšími typmi fekálne koliformné baktérie, ktoré pochádzajú z ľudských čriev a šíria sa ľudskými výbojmi. Tieto parazitické baktérie vyžadujú živý organizmus alebo hostiteľa a ľahko dostupné zdroje potravy.
Patogénne baktérie
Špecifické formy parazitických baktérií vytvárajú toxíny, ktoré spôsobujú ochorenie hostiteľského organizmu. Tieto patogénne typy baktérií môžu vylučovať ľudia, ktorí trpia úplavicou, cholerou, brušným týfusom a inými chorobami čriev. Patogény, ktoré sa zvyčajne vyskytujú v odpadových vodách, zahŕňajú Salmonella, Shigella, E. coli, Streptococcus, Pseudomonas aeroginosa, mycobacterium a Giardia Lamblia, uvádza sa na webovej stránke Rady pre kvalitu a zdravie vody. Záchvaty šigelózy vznikli v dôsledku výskytu sladkovodných mäkkýšov kontaminovaných tokmi odpadových vôd, ako zaznamenávajú americké centrá pre kontrolu a prevenciu chorôb. V dôsledku rastu populácie a zvýšeného vypúšťania do odpadových vôd výsledné množstvo patogénnych baktérií premáha prirodzené procesy rozkladu a riedenia.
Saprofytické baktérie
Saprofytické baktérie pohlcujú mŕtve organické látky, čo pomáha rozkladať odpad na anorganické a organické vedľajšie produkty. Tieto baktérie zohrávajú rozhodujúcu úlohu pri čistení odpadových vôd uľahčovaním alebo urýchľovaním procesu rozkladu organických látok. Bez saprofytických baktérií nemusí dôjsť k rozkladu. Rôzne druhy saprofytických baktérií zahynú potom, čo zohrali svoju úlohu v príslušnom štádiu rozkladu.
Vírusy
Medzi mikróby nachádzajúce sa v odpadových vodách patria vírusy, ktoré sú parazitickými organizmami, ktoré sa živia, rastú a množia. Patogénne vírusy, ktoré existujú v odpadových vodách, zahŕňajú polio a hepatitídu. V splaškových odpadových vodách sa tiež nachádzajú rôzne črevné vírusy, ako napríklad coxsackie, adenovírus a ECHO, alebo enterická cytopatická ľudská sirota. Ďalším bežným typom vírusu v splaškoch, ktorý sa živí baktériami, ale nie ľuďmi, je známy ako fág alebo bakteriofág. Na rozdiel od baktérií je počet patogénnych vírusov v odpadových vodách malý. Podľa webovej stránky Mountain Empire Community College sa medzi odhadovaným miliónom koliformných baktérií môže vyskytnúť jeden infekčný vírus.