Transmisný elektrónový mikroskop (TEM) a skenovací elektrónový mikroskop (SEM) sú mikroskopické metódy na pozorovanie extrémne malých vzoriek. TEM a SEM je možné porovnať v metódach prípravy vzoriek a aplikáciách každej technológie.
Oba typy elektrónových mikroskopov bombardujú vzorku elektrónmi. TEM je vhodný na štúdium vnútra objektov. Farbenie poskytuje kontrast a rez poskytuje ultra tenké vzorky na vyšetrenie. TEM je vhodný na vyšetrenie vírusov, buniek a tkanív.
Vzorky vyšetrené pomocou SEM vyžadujú vodivý povlak, ako je zlato-paládium, uhlík alebo platina, aby zhromaždili prebytočné elektróny, ktoré by zakrývali obraz. SEM je vhodný na pozorovanie povrchu predmetov, ako sú makromolekulárne agregáty a tkanivá.
Elektrónová pištoľ produkuje prúd elektrónov, ktoré sú zaostrené kondenzátorovou šošovkou. Kondenzovaný lúč a prenášané elektróny sú zaostrené objektívom do obrazu na obrazovke s fosforovým obrazom. Tmavšie oblasti obrazu naznačujú, že bolo prenesených menej elektrónov a že tieto oblasti sú hrubšie.
Rovnako ako v prípade TEM, šošovka produkuje a kondenzuje elektrónový lúč. Toto je objektív kurzu na SEM. Druhá šošovka formuje elektróny do úzkeho tenkého lúča. Sada cievok skenuje lúč podobným spôsobom ako televízia. Tretia šošovka smeruje lúč do požadovanej časti vzorky. Lúč môže prebývať v určenom bode. Lúč dokáže naskenovať celý exemplár 30-krát za sekundu.