Vzťahy medzi rôznymi zvieratami sa vytvárajú prostredníctvom taxonómie. Taxonómia je klasifikácia živých vecí. Tieto klasifikácie sú členené nasledovne od najväčšieho zoskupenia po jednotlivých druhoch zvierat: kráľovstvo, kmeň, podokmeň, trieda, poriadok, rodina, rod, druh. Zvieratá, ktoré sú rovnakého druhu, sú veľmi úzko spojené a zvieratá v rovnakom kráľovstve sú veľmi vzdialené. Napríklad všetky zvieratá sú súčasťou jedného kráľovstva Animalia a všetky rastliny sú v kráľovstve Plantea.
Všetci pavúky a kraby sú v kmeni Arthopodia, rovnako ako všetok hmyz. Článkonožce sa fyzicky vyznačujú tým, že majú všetky segmentované, spojené nohy a majú exoskeleton. Zatiaľ čo kraby aj pavúky sú zoskupené do jedného kmeňa, neznamená to, že sú nevyhnutne úzko prepojené. Napríklad všetky zvieratá s chrbticou sú v kmeni Cordata. Je ale zrejmé, že aj keď majú ryby aj opice tŕne, sú veľmi odlišné.
Rozdelenie medzi pavúky a väčšinu krabov sa deje na úrovni podkmeňa. Pavúky sú v podkmeni Cheilcerata, zatiaľ čo väčšina krabov je v podkmeni Mandibulata. Rozdiel je vo veľkej miere v tom, že kraby majú dolnú čeľusť, druh čeľuste a pavúky chelicery, čo sú časti úst, ktoré sa objavujú pred ústami. „Tesáky“ pavúkov sú chelicery.
Kraby podkovy sú v rovnakom podskupine ako pavúky Cheilcerata. Vďaka tomu sú krabi podkovy príbuznejšie s pavúkmi, ako dokonca s inými krabmi. Rovnako ako pavúky, krabi podkovy nemajú dolnú čeľusť a namiesto nich majú chelicery pred ústnymi časťami. Pavúky a podkovy sú rozdelené na úrovni triedy. Pavúky sú v triede Arachnida, zatiaľ čo krab podkovy v triede Merostomata.
Kedysi existovalo ďalšie krabovité stvorenie, ktoré je klasifikované tiež v podkmene Cheilcerata. Nazývajú sa „morské škorpióny“. Vyhynuli asi pred 250 miliónmi rokov. Títo „škorpióni“ mali na konci chvosta väčšie žihadlo a dorástli do dĺžky viac ako 6 stôp. To z nich robí pravdepodobne najväčšieho článkonožca, aký kedy žil. Ich zahrnutie do podkmeňa Cheilcerata robí tieto starodávne krabie škorpióny tiež príbuznejšími s pavúkmi ako s krabmi.
