Dýchanie pozostáva zo série reakcií, ktoré sa vyskytujú predovšetkým v mitochondriách rastlinných buniek. Dýchanie premieňa kyslík a cukry generované pri fotosyntéze na oxid uhličitý, vodu a energiu. Okrem typu rastliny ovplyvňuje rýchlosť dýchania rastlinných buniek aj niekoľko faktorov prostredia.
Vek / životné štádium tkaniva

Mladšie tkanivo má vyššiu frekvenciu dýchania ako staršie tkanivo. Koniec koreňa a mladé listy majú vyššiu mieru dýchania ako staršie koreňové segmenty a listy.
Keď semienko prvýkrát absorbuje vodu, rýchlosť dýchania buniek rýchlo stúpa, ale zhruba po 20 minútach sa ustáli.
Dozrievajúce plody spôsobujú výbuch dychovej aktivity, ktorý vrcholí, keď ovocie dosiahne vrcholnú zrelosť.
Teplota
Rýchlosť dýchania v rastlinnej bunke klesá, keď teplota klesá, až kým sa dýchanie takmer alebo úplne nezastaví okolo mrazu. Dýchanie stúpa so zvyšujúcimi sa teplotami, až kým sa nedosiahnu veľmi vysoké teploty, čo vedie k zhoršeniu stavu tkaniva.
Teplota výrazne ovplyvňuje dýchanie kvôli údržbe (oveľa viac ako bunky určené na rast rastlín). Rastliny v miernom podnebí majú v zime oveľa nižšiu mieru dýchania ako počas teplého leta.
Rýchlosť dýchania ovocia sa dá regulovať jeho skladovaním na chladných a suchých miestach. Nižšie skladovacie teploty sú schopné spomaliť dýchanie a dozrievanie ovocia.
Kyslík
Dýchanie klesá so zníženým dostupným kyslíkom. Za okolností, keď nie je prítomný kyslík, ako napríklad v zle odvodnenej pôde, dochádza k anaeróbnemu dýchaniu (fermentácii). Výsledkom anaeróbneho dýchania je oxid uhličitý, časť energie a etanol. Tento typ dýchania sa používa aj na výrobu alkoholov.
Rýchlosť dýchania u väčšiny rastlín vrcholí okolo normálnej hladiny kyslíka v atmosfére.
Oxid uhličitý
Oxid uhličitý, jeden z odpadových produktov dýchacej rovnice, ovplyvňuje aj dýchanie. Čím vyššia je koncentrácia oxidu uhličitého, tým nižšia je rýchlosť dýchania.
Poškodenie
Pri poškodení alebo infikovaní rastlinného tkaniva sa zvyšuje dýchanie v priamo infikovaných aj v okolitých bunkách. Často, keď je v jablku červí otvor, obklopuje ho malá hnedá modrina - to je známka zvýšeného dýchania v oblasti poškodených buniek.
Nedostatok vody
Suché tkanivo má nižšiu rýchlosť dýchania ako hydratované. Aj keď sucho má oveľa väčší vplyv na proces fotosyntézy v rastlinných bunkách, nedostatok dostupnej vody tiež negatívne ovplyvňuje dýchanie.
Dostupné cukry

Zvýšenie dostupných cukrov z fotosyntézy všeobecne vedie k zvýšeniu rýchlosti dýchania. Miera dýchania v listoch horného krytu je často vyššia ako v listoch spodného krytu, pretože listy horného krytu vytvárajú viac cukru.