Ферменты - это молекулы, в частности белки, которые помогают ускорить биохимические реакции, взаимодействуя с ингредиентами (реагентами и продуктами) без их постоянного изменения. Этот процесс упрощения известен как катализ, и, соответственно, сами ферменты идентифицируются как катализаторы.
Ферменты, как и многие игроки в микробиология мир может иметь длинные и громоздкие имена, почти все они заканчиваются на "-ase". Но если вы знакомы с формальной системой, в которой названы ферменты, вы можете многое разгадать. загадок о функции данного фермента, не зная точно, какова реакция этого фермента катализирует.
Что такое катализатор?
В просторечии катализатор - это любая сущность, которая улучшает ход, эффективность или результативность данного начинания. Если вы тренер по баскетболу и знаете, что включение определенного популярного игрока в игру разожжет толпу и команду в целом, то вы используете катализатор.
Человеческие катализаторы заставляют вещи происходить, и они также склонны заставлять людей вокруг себя выглядеть максимально опытными. Точно так же биологические катализаторы могут заставить определенные биохимические процессы протекать почти автоматически, когда На самом деле, эти процессы спотыкались бы и пошатнулись бы к ненадежному выводу в отсутствие фермент.
Катализаторы часто не записываются в формулу химической реакции, в которой он участвует, потому что по определению катализатор не изменяется от своей первоначальной формы в конце реакции.
Фермент: определение и открытие
К концу 1870-х годов было установлено, что что-то в дрожжах может вызывать снижение уровня сахара в крови. превратиться в алкогольные напитки гораздо быстрее, чем может произойти спонтанно, и что то же самое принцип ферментация применяется для выдержки сыра.
Если оставить в покое при правильных условиях, некоторые виды гниющих фруктов могут в конечном итоге привести к образованию этилового спирта. Однако добавление дрожжей не только ускоряет брожение, но также обеспечивает предсказуемость и меру контроля всей химической реакции.
«Фермент» от греческого означает «с дрожжами». Используемый сегодня, он относится к биологический катализаторы внутри организмов или вещества, которые производятся как в живой системе, так и для ее блага.
Основы ферментов
Основная функция всех ферментов - катализировать метаболические процессы, происходящие в клетке. Более формальное определение фермента указывает, что фермент должен не только воздействовать на реакции внутри живой клетки, но и был создан организмом - тем же самым или другим.
Отдельные ферменты можно описать с точки зрения их специфичность. Это показатель того, насколько исключительны отношения фермента с его субстрат или же субстраты. Субстраты представляют собой молекулы, с которыми связываются ферменты, обычно реагенты. Когда фермент связывается только с одним субстратом в одной реакции, это означает, что абсолютный специфичность. Когда он может связываться с рядом различных, но химически похожих субстратов, фермент имеет группа специфичность.
Ферментная активность
Насколько хорошо работают ферменты - то есть насколько они способны влиять на реакции, на которые они нацелены, по сравнению с нейтральными условиями - зависит от ряда факторов. К ним относятся температура и кислотность, которые влияют на стабильность всех белков, а не только ферментов.
Как и следовало ожидать, увеличение количества субстрата может увеличить скорость реакции, если фермент еще не «насыщен»; и наоборот, добавление ферментов может ускорить реакцию на данном уровне субстрата и может позволить добавить больше субстрата, не превышая производственный потолок.
Скорость исчезновения субстрата (и появления реагента) в реакциях, в которых участвуют ферменты, не является линейной, а скорее имеет тенденцию к замедлению по мере того, как реакция приближается к завершению. Это представлено на графике зависимости концентрации от времени в виде нисходящего наклона, который со временем становится более постепенным.
Хорошо известные ферменты
Практически любой список ферментов с наиболее известными и наиболее изученными ферментами почти наверняка содержит катализаторы гликолиза - лимонную кислоту (т. Е. Кребс или трикарбоновая кислота) цикл или оба. Эти процессы, каждый из которых состоит из нескольких индивидуальных реакций, включают расщепление глюкозы до пирувата в клетке. цитоплазма и превращение пирувата во вращающийся ряд промежуточных продуктов, которые в конечном итоге позволяют происходить аэробному дыханию.
Два фермента, участвующие в ранней стадии гликолиза: глюкозо-6-фосфатаза а также фосфофруктокиназа, тогда как цитрат-синтаза является основным участником цикла лимонной кислоты.
Можете ли вы предсказать, что могут делать эти ферменты, основываясь на их названиях? Если нет, попробуйте еще раз примерно через пять минут.
Номенклатура ферментов
Название фермента может не слететь с языка, но такова цена химии. Большинство названий состоят из двух слов, первое из которых указывает на субстрат, на который действует фермент. а второй сигнализирует о типе реакции (подробнее об этом втором атрибуте в следующем раздел).
Хотя подавляющее количество названий ферментов оканчивается на «-аза», у ряда важных и хорошо изученных имен нет. Любой список ферментов, относящихся к пищеварению человека, будет включать: трипсин а также пепсин. Однако суффикс фермента «-аза» сам по себе означает не что иное, как тот факт, что рассматриваемый белок на самом деле является ферментом, и не затрагивает функциональные детали.
Классы ферментов
Существует шесть основных классов ферментов, разделенных на категории в зависимости от их функции. Большинство этих классов также включают подклассы. Их имена помогают определить, чем они занимаются, но только если вы немного знаете греческий или латынь.
- Оксидоредуктазы являются ферментами, которые участвуют в реакциях, в которых субстрат либо окисленный (т.е. теряет электроны) или уменьшенный (т.е. получает электроны). Примеры включают ферменты, оканчивающиеся на дегидрогеназа, оксидаза, пероксидаза а также редуктаза. Лактатдегидрогеназа, который катализирует взаимное превращение лактата и пирувата в ферментация, принадлежит к классу оксидоредукатаз.
- Трансферазы, как следует из названия, переносят функциональные группы, а не только электроны или отдельные атомы, от одной молекулы к другой. Киназы, которые добавляют фосфатные группы к молекулам (например, добавление фосфатной группы к фруктозо-6-фосфату при гликолизе) являются примерами.
- Гидролазы катализировать реакции гидролиза, в которых молекула воды («гидро-») используется для расщепления более крупной молекулы («-лаза»), чтобы разбить ее на более мелкие. Фосфатазы, которые являются функциональными противоположностями киназ, делают это путем удаления фосфатных групп; протеазы, пептидазы а также нуклеазы, которые расщепляют богатые белком молекулы, являются вторым подтипом.
- Лиасы создавать двойные связи в молекуле, удаляя группу из атома углерода. (В обратной реакции группа добавляется к одному из атомов углерода в двойной связи, чтобы преобразовать его в одинарную связь.) Ферменты, оканчивающиеся на декарбоксилаза, гидратаза, синтаза а также лиазе сами являются примерами.
- Изомеразы катализировать реакции изомеризации, которые представляют собой перегруппировку молекулы для создания изомер, молекула с тем же числом и типом атомов (то есть с той же химической формулой), но другой формы. Таким образом, они представляют собой своего рода трансферазы, но вместо перемещения групп между молекулами они делают это внутри молекул. Изомераза, мутаза а также рацемаз ферменты попадают в этот класс.
- Лигазы катализируют образование связи посредством процесса АТФ гидролиз, а не перемещая атом или группу из одного места в другое. Карбоксилаза синтетаза является примером фермент лигаза.