При гель-электрофорезе образцы ДНК или белков разделяются - обычно в зависимости от размера - путем приложения электрического поля, которое заставляет их мигрировать через гель. Использование гель-электрофореза является обычным делом в биомедицинских исследовательских лабораториях и используется для ответа на множество различных вопросов, поэтому на самом деле нет универсального способа анализа результатов.
Например, различные методы, такие как вестерн-блоттинг, нозерн-блоттинг и саузерн-блоттинг, включают: гель-электрофорез.
Если ты делаешь агарозный гель электрофорез образцов ДНК, наиболее распространенная процедура, вам обычно нужно сделать как минимум две вещи: 1) различать неразрезанные плазмиды из вставок, разрезанных плазмид и разрезанных плазмид и, 2) оценить размер различных фрагментов ДНК с помощью стандартной кривой Excel или калькулятор.
Проверьте свою лабораторную записную книжку, чтобы определить, какие образцы были загружены в какие дорожки. Когда вы загружали лунки для своего геля, вы должны были отметить идентичность каждой дорожки / образца.
Используя линейку, измерьте расстояние на вашем снимке от лунок до следящего красителя, который будет прошли дальше, чем любая из полос ДНК (другими словами, она будет в нижней части гель). Запишите это число - единицы, которые вы используете, не важны.
Измерьте на своем рисунке расстояние от колодцев до каждой полосы на «лестнице», затем разделите это расстояние на расстояние, пройденное следящий краситель группа. Этот расчет дает вам относительную подвижность каждой полосы.
Пример. Предположим, что полоса отслеживающего красителя прошла 6 дюймов, а у нас есть три полосы, которые прошли 5, 4,5 и 3,5 дюйма.
Какова их относительная мобильность? Ответ: Мы разделим 5, 4,5 и 3,5 на 6, чтобы получить относительные подвижности 0,833, 0,75 и 0,5833.
Производитель сообщает вам размер каждого фрагмента в поставляемых ими лестницах, так что эта информация у вас уже должна быть.
Используйте функцию линии тренда в программе для работы с электронными таблицами, чтобы подогнать уравнение к данным. Это уравнение должно быть уравнением мощности (например, x ^ -2) и должно относительно хорошо соответствовать данным (R-коэффициент не менее 0,9). Это создает кривую и стандартную кривую Excel.
Помните, что более мелкие фрагменты ДНК проходят через гель дальше, чем большие фрагменты ДНК, поэтому наиболее близкие к следящему красителю будут наименьшими. Обратите внимание, однако, что если плазмида (круговая) ДНК не разрезана, она станет сверхспиральной или скрученной, как телефонный шнур, что фактически заставит ее путешествовать дальше чем линейная ДНК того же размера.
Точно так же "разрезанная" плазмида, которая не была полностью разрезана, будет перемещаться по короче расстояние, чем линейная ДНК того же размера. Следовательно, вы не можете оценить размер неразрезанных плазмид из вашего геля.
Сопоставьте полосы на каждой дорожке с образцом, который вы загрузили в эту дорожку, и определите, соответствует ли то, что вы видите, тому, что вы ожидали. Это будет зависеть от характера вашего эксперимента.
В общем, однако, если вы расщепили вставку плазмиды двумя рестрикционными ферментами, можно ожидать, что вставка будет освобождена от плазмиды.
Поскольку он намного меньше плазмиды, вы ожидаете увидеть две полосы на этой полосе, одну вверху, а другую внизу - внизу. Плазмида, разрезанная только одним рестрикционным ферментом, должна образовывать только одну полосу, которая проходит немного дальше, чем плазмида, разрезанная двумя рестрикционные ферменты, но не до вставки.
Измерьте расстояние от лунок до разрезанной плазмиды и вставьте ленты линейкой. Разделите эти числа на расстояние, пройденное следящим красителем, чтобы найти относительную подвижность вставок и разрезанных плазмид.