Основные типы бактерий традиционно классифицируются по физическим характеристикам или реакциям на различные типы окрашивания. Появление молекулярной генетики позволило более тщательно разделить различные группы бактерий. Многие ученые считают, что старая классификация бактерий должна быть разделена на два или более царства.
Высшая классификация живых существ - это царства. Когда-то бактерии относились к одному царству, известному как Протиста, но многие ученые утверждают, что древнее царство должно быть разделено на два царства на основе молекулярно-генетических данных. Новые царства будут настоящими бактериями, эубактериями, и древними бактериями, архебактериями, которые сегодня выживают в экстремальных условиях. Некоторые предлагают новое филогенетическое деление, известное как домены или суперкарва, потому что архебактерии настолько отличны друг от друга, что их можно разделить на три собственных царства: Crenarchaeota, теплолюбивые бактерии; Euryarchaeota, галофильные и метаногенные бактерии; и Korarchaeota, обитающая в горячих источниках.
Для бактерий, отличных от архебактерий, существует пять различных типов, следующая ветвь филогенетического дерева. Протеобактерии симбиотичны с растениями и помогают им фиксировать азот из атмосферы. Цианобактерии известны как сине-зеленые бактерии. Эубактерии - это традиционно классифицируемые грамположительные бактерии, клеточные стенки которых имеют слои, отличные от слоев других бактерий. Спирохеты растут спиралевидными колониями. Хламидии - внутриклеточные паразиты.
Бактерии можно охарактеризовать как патогенные (вызывающие заболевание) или непатогенные. Их также можно охарактеризовать как грамположительные или грамотрицательные. Это относится к тому, поглощают ли они краситель при окрашивании по Граму. У грамположительных бактерий отсутствует внешняя клеточная мембрана, а пептидогликаны позволяют им окрашивать кристаллический фиолетовый. Грамотрицательные бактерии имеют внешнюю клеточную мембрану, но не имеют пептидогликанов, что предотвращает их окрашивание.