Трис, или трис (гидроксиметил) аминометан, является обычным биологическим буфером, используемым на протяжении всего процесса экстракции ДНК. Во время экстракции из любого количества источников ДНК чувствительна к pH. Во время лизиса клеток, удаления нежелательных клеточных компонентов и осаждения трис используется для поддержания стабильного pH. Кроме того, он играет особенно важную роль в лизисе клеток.
TL; DR (слишком длинный; Не читал)
Экстракция ДНК - это pH-чувствительный процесс, и использование трис-буфера помогает поддерживать стабильный pH во время лизиса и экстракции клеток.
Трис как буфер
Поскольку pH может влиять на ряд клеточных факторов, поддержание стабильного pH имеет важное значение для экспериментальной науки. Биологические буферы, такие как трис, важны, потому что они могут поддерживать стабильный pH, несмотря на влияния, которые в противном случае могли бы изменить pH. Трис (гидроксиметил) аминометан с pKa 8,1 является эффективным буфером при pH от 7 до 9. Из-за своего нейтрального диапазона трис является широко используемым буфером в биологических лабораториях. Однако трис-буфер чувствителен к температуре, и его следует использовать при температуре, при которой он был первоначально pH-pH, чтобы избежать неточности.
Лизис клеток
Лизис, или вскрытие клеток, является первым этапом экстракции ДНК. Это достигается с помощью буфера, содержащего трис и ЭДТА (этилендиаминтетрауксусную кислоту). EDTA связывает двухвалентные катионы, такие как кальций и магний. Поскольку эти ионы помогают поддерживать целостность клеточной мембраны, их удаление с помощью ЭДТА дестабилизирует мембрану. Трис - главный компонент буферизации; его основная роль заключается в поддержании стабильного значения pH буфера, обычно 8,0. Кроме того, Трис вероятно, взаимодействует с LPS (липополисахаридом) в мембране, дестабилизируя мембрану. способствовать.
Трис защищает ДНК от сдвигов pH
Когда клетки разбиваются на части, их ДНК и содержимое попадают в буфер. Кроме того, часто включаются РНКаза A (разрушает РНК), протеазы (разрушает белки) и SDS (додецилсульфат натрия, солюбилизирует фрагменты мембраны). Взятые вместе, этот суп из клеточного содержимого, фрагментированной РНК и белков может иметь большое влияние на pH раствора. Поскольку ДНК чувствительна к pH, важно, чтобы трис буферизовал суп и поддерживал постоянный уровень pH.
Осаждение ДНК
На заключительном этапе экстракции ДНК из раствора извлекается сама ДНК. На этом этапе ДНК растворима в буфере. Чтобы извлечь из раствора, ДНК делают нерастворимой путем добавления этанола или изопропанола (изопропилового спирта). Когда это будет сделано, ДНК станет очевидной в растворе как белое нитевидное вещество. Хотя таким образом ДНК может быть выделена из оставшихся клеточных компонентов, она непригодна для использования, когда она нерастворима. После выделения спирт удаляют, а ДНК необходимо вернуть в биологический буфер, такой как трис, для использования.
Сделай сам
Хотя экстракция ДНК обычно проводится в исследовательских лабораториях, как правило, с использованием одного из нескольких коммерчески доступные наборы, любой может провести экстракцию ДНК дома, используя обычные предметы домашнего обихода и зеленые горох или шпинат. В этом случае не присутствует ни трис, ни какой-либо биологический буфер для защиты ДНК от сдвигов pH. Однако это визуальный способ помочь студентам соединиться с клеточной ДНК.