Камбоджа занимает третье место в мире по уровню обезлесения, что связано с заготовкой древесины, а также с проведением сплошных рубок для сельского хозяйства. Вырубка лесов разрушает среду обитания и нарушает баланс деликатных тропических почв. Без деревьев, удерживающих почву на месте и пополняющих органические вещества опадом из листьев, почва быстро разрушается и теряет большую часть своего плодородия в первые несколько лет культивирования.
Прибрежные экосистемы Камбоджи, многие из которых представляют собой мангровые леса, которые являются важными нерестилищами рыб и защитой от наводнений, находятся под угрозой из-за нескольких факторов. Прибрежные экосистемы задыхаются из-за отложений, смытых с недавно обезлесенных территорий внутри страны. Эти воды также содержат опасные пестициды и удобрения. Плохо регулируемые фермы по выращиванию креветок приводят к расчистке мангровых зарослей и выбросу излишков питательных веществ в воду, что приводит к чрезмерному росту водорослей и нарушению экосистемы.
По мере индустриализации Камбоджи люди стекаются в городские районы, которые растут слишком быстро, и санитарная инфраструктура не успевает за ними. Во многих районах нет канализационных систем или, в лучшем случае, они не функционируют. Сточные и промышленные сточные воды загрязняют грунтовые и поверхностные воды во многих городских районах. Опасные твердые отходы часто попадают на открытые свалки, где они могут вымываться в грунтовые воды или уноситься ветром.