Cambodgia are a treia cea mai mare rată de defrișare din lume, motivată de recoltarea lemnului, precum și de tăierea liberă pentru agricultură. Defrișarea distruge habitatele și perturbă echilibrul solurilor tropicale delicate. Fără copaci care țin solul în loc și care completează materia organică cu așternut de frunze, solul se erodează rapid și își pierde o mare parte din fertilitate în primii câțiva ani de cultivare.
Ecosistemele de coastă din Cambodgia, dintre care multe sunt păduri de mangrove, care oferă terenuri de reproducere importante pentru pești și protecție împotriva inundațiilor, sunt amenințate de mai mulți factori. Ecosistemele de coastă sunt sufocate de sedimentele spălate din zonele recent defrișate din interior. Aceste ape transportă, de asemenea, pesticide și îngrășăminte periculoase. Fermele de creveți slab reglementate fac ca mangrovele să fie curățate și să elibereze excesul de nutrienți în apă, rezultând creșterea excesivă a algelor și perturbarea ecosistemului.
Pe măsură ce Cambodgia se industrializează, oamenii se adună în zonele urbane, care cresc prea repede pentru ca infrastructura de salubrizare să țină pasul. Multe zone nu au sisteme de canalizare sau, cel mai bine, sunt disfuncționale. Canalizarea și efluenții industriali contaminează apele subterane și de suprafață în multe zone urbane. Deșeurile solide periculoase își găsesc de multe ori calea pentru a deschide depozite de deșeuri unde pot fi leșiate în apele subterane sau pot fi suflate de vânt.