Mikroskopy są używane w wielu różnych dziedzinach do obserwacji drobnych okazów. Istnieją różne rodzaje mikroskopów, każdy z własnymi metodami oglądania różnych aspektów danej próbki. Większość mikroskopów posiada zestaw soczewek obiektywowych i soczewkę okularową, które umożliwiają oglądanie powiększonego obrazu. Do wielu mikroskopów można również dodać kamerę, aby robić zdjęcia do późniejszej analizy. Mikroskopy dydaktyczne zazwyczaj mają dwa zestawy okularów, dzięki czemu inna osoba może zobaczyć ten sam obraz, co osoba obsługująca urządzenie.
Złożony
Najtańszym i najbardziej powszechnym mikroskopem używanym w laboratoriach jest mikroskop złożony. Mikroskopy te wykorzystują soczewki o różnej mocy do powiększania obiektów. Mikroskopy złożone zwykle mają okular, zestaw luster i soczewkę obiektywu, które współpracują ze sobą. Obrazy są widziane w dwóch wymiarach. Za pomocą przystawki do mikroskopu obserwator może zapisywać obrazy do późniejszej analizy.
Skanowanie mikroskopu elektronowego
Skaningowy mikroskop elektronowy jest w stanie obserwować obiekty na obrazie 3D. Obrazy mają duże powiększenie i wysoką rozdzielczość, ale pojawiają się w czerni i bieli. Aby uzyskać szczegółowe obrazy, próbkę pokrywa się złotymi drobinkami. Elektrony odbijają się od złocenia, tworząc obraz. Ten typ mikroskopu jest przydatny do oglądania bardzo małych obiektów z drobnymi szczegółami, a obrazy są zapisywane do późniejszego obejrzenia. Często oglądane obiekty to szczegółowe obrazy bakterii, wirusów i niektórych składników komórkowych.
Elektronowy mikroskop transmisyjny
Ten typ mikroskopu wykorzystuje elektrony do przechodzenia przez próbkę. Obrazy dwuwymiarowe są tworzone przez tworzenie cienkich warstw o wysokiej rozdzielczości i dużym powiększeniu. Transmisyjne mikroskopy elektronowe są przydatne do uzyskiwania obrazów na całej grubości próbki, a nie tylko na powierzchni. Ponieważ są drogie, mikroskopy te częściej można znaleźć w głównych ośrodkach badawczych i na uniwersytetach.
Stereoskop
Stereoskopy mogą być używane do oglądania obiektów w trzech wymiarach. Powiększenie nie jest tak silne, jak w innych typach mikroskopów, ale pozwala dostrzec szczegóły, których nie można by zobaczyć gołym okiem. Nazywa się je również mikroskopami „dysekcyjnymi”, ponieważ są powszechnie używane do pomocy w preparowaniu małych próbek.
Mikroskop fluorescencyjny
Mikroskopy mogą być używane do oglądania różnych aspektów próbki poprzez zmianę sposobu tworzenia obrazu. Mikroskopy fluorescencyjne wykorzystują określone kolory światła do interakcji z barwnikami. Gdy barwniki stają się oświetlone, pewne struktury można wyizolować i oglądać za pomocą odpowiednich barwników. Ten rodzaj mikroskopu jest przydatny do obserwowania określonych białek w komórce. Do przechwytywania obrazów z mikroskopu zwykle dołączana jest kamera.