Na Ziemi energia słoneczna napędza wiatry; więc na Neptunie, gdzie słońce wydaje się niewiele większe od gwiazdy, można by się spodziewać słabych wiatrów. Jednak jest odwrotnie. Neptun ma najsilniejsze wiatry powierzchniowe w Układzie Słonecznym. Większość energii napędzającej te wiatry pochodzi z samej planety.
W porównaniu z którąkolwiek z gazowych planet olbrzymów, atmosfera Ziemi jest kałużą spokoju. Na Jowiszu wiatry w Małej Czerwonej Plamce osiągają prędkość 618 kilometrów na godzinę (384 mile na godzinę), czyli prawie dwa razy szybciej niż wiatry w najgroźniejszym ziemskim huraganie. Na Saturnie wiatry w górnych warstwach atmosfery mogą wiać prawie trzy razy mocniej, z prędkością 1800 kilometrów na godzinę (1118 mil na godzinę). Nawet te wiatry ustępują miejsca tym w pobliżu Wielkiej Ciemnej Plamy Neptuna, którą astronomowie taktowali z prędkością 1931 kilometrów na godzinę (1200 mil na godzinę).
Podobnie jak Jowisz i Saturn, Neptun wytwarza więcej energii niż otrzymuje od Słońca, a ta energia promieniująca z jądra planety napędza silne wiatry powierzchniowe. Jowisz promieniuje energią pozostałą po jego utworzeniu, a energia, którą promieniuje Saturn, jest w dużej mierze wynikiem tarcia wytwarzanego przez deszcz helowy. Na Neptunie warstwa metanu, który jest gazem cieplarnianym, zatrzymuje ciepło. Gdyby planeta była jak Uran (który nie ma wewnętrznego źródła energii), to ciepło wypromieniowałoby się w kosmos dawno temu. Zamiast tego, mimo że temperatury są niskie, planeta emituje 2,7 razy więcej ciepła niż otrzymuje od Słońca, co wystarcza, aby napędzać jej dzikie wiatry.