Po przebadaniu próbek DNA na żelu agarozowym i zrobieniu zdjęcia możesz je zapisać na później, po czym możesz przeanalizować wyniki i zinterpretować je. Rodzaje poszukiwanych rzeczy będą zależeć od charakteru eksperymentu. Jeśli robisz na przykład odciski palców DNA, będziesz chciał porównać rozmiar kawałków DNA z dwóch próbek -- być może od podejrzanego i próbki z miejsca przestępstwa. W przeciwieństwie do tego, jeśli pracujesz z plazmidami z bakterii, może być konieczne upewnienie się, że plazmid zawiera wstawkę. W związku z tym to, jak zinterpretujesz swój żel, będzie częściowo zależeć od przeprowadzonego eksperymentu. Niemniej jednak istnieje kilka ogólnych zasad, które możesz zastosować.
Pamiętaj, że możesz, ale nie musisz, skorzystać z instrukcji zawartych w tej sekcji. Elektroforeza w żelu agarozowym jest często wykorzystywana do potwierdzenia, że plazmid zawiera daną wstawkę. Jeśli nie pracujesz z plazmidami, możesz pominąć ten rozdział. Jeśli jednak tak, możesz postępować zgodnie z tymi instrukcjami.
Zauważ, że jeśli pracujesz z nieprzyciętymi lub naciętymi plazmidami, nie możesz oszacować rozmiaru za pomocą procedury z sekcji 1 powyżej. Dzieje się tak, ponieważ plazmidy nieprzecięte i nacięte migrują w różnym tempie z liniowego DNA.
Porównaj liczbę pasm na każdym pasie. Przypomnijmy, że enzym restrykcyjny tnie DNA w miejscach, w których występuje dana sekwencja zwana miejscem restrykcyjnym. Jeżeli próbkę poddano działaniu DWÓCH enzymów restrykcyjnych, prążek dla wstawki i prążek dla pozostałej części plazmidu powinny być obecne. To dlatego, że wstawka będzie oflankowana przez dwa miejsca restrykcyjne, każde dla innego enzymu, więc cięcia w obu tych miejscach uwolnią wstawkę z plazmidu. Natomiast cięcie tylko w jednym miejscu spowoduje przekształcenie plazmidu w liniowy DNA. Próbka wycięta bez enzymów restrykcyjnych lub jednego enzymu restrykcyjnego powinna zatem zawierać pojedynczy prążek, podczas gdy próbka wycięta z dwoma enzymami restrykcyjnymi powinna zawierać dwa prążki.
Zwróć uwagę na prążki utworzone przez nacięte plazmidowe DNA. Nacięty plazmid ma cięcie tylko w jednej nici, więc migruje wolniej niż cięty plazmid. Z kolei cięte plazmidy migrują wolniej niż nieprzecięty DNA.
Oszacuj rozmiar wkładki zgodnie z procedurą opisaną w rozdziale 1 i ustal, czy odpowiada Twoim oczekiwaniom (które będą się różnić w zależności od eksperymentu).
Rzeczy, których będziesz potrzebować
- Ołówek
- Papier
- Program do arkuszy kalkulacyjnych
- Zdjęcie twojego żelu
- Linijka