W elektroforezie żelowej próbki DNA lub białek są rozdzielane – zazwyczaj na podstawie wielkości – przez przyłożenie pola elektrycznego, które powoduje ich migrację przez żel. Zastosowanie elektroforezy żelowej jest rutyną w laboratoriach badań biomedycznych i służy do odpowiadania na wiele różnych pytań, więc tak naprawdę nie ma uniwersalnego sposobu analizy wyników.
Różne techniki, takie jak Western blotting, Northern blotting i Southern blotting, obejmują na przykład: elektroforeza żelowa.
Jeśli robisz Żel agarozowy elektroforeza próbek DNA, najczęstszy rodzaj procedury, zazwyczaj będziesz musiał zrobić co najmniej dwie rzeczy: 1) odróżnić nieprzycięte plazmidy z wstawek, nacięte plazmidy i pocięte plazmidy oraz 2) oszacowanie wielkości różnych fragmentów DNA za pomocą krzywej standardowej Excel lub kalkulator.
Sprawdź swój notatnik laboratoryjny, aby określić, które próbki zostały załadowane na które tory. Po załadowaniu dołków do żelu, należy zanotować tożsamość każdej ścieżki/próbki.
Za pomocą linijki zmierz odległość na zdjęciu od dołków do barwnika śledzącego, co spowoduje: podróżują dalej niż którykolwiek z prążków DNA (innymi słowy, będzie na dole żel). Zapisz tę liczbę – jednostki, których używasz, nie są ważne.
Zmierz odległość na zdjęciu od dołków do każdego z pasm w „drabinie”, a następnie podziel tę odległość przez odległość przebytą przez barwnik śledzący zespół muzyczny. To obliczenie daje względną mobilność każdego pasma.
Przykład: Załóżmy, że pasmo barwnika śledzącego przebyło 6 cali, a my mamy trzy pasma, które przebyły 5, 4,5 i 3,5 cala.
Jaka jest ich względna mobilność? Odpowiedź: Dzielimy 5, 4,5 i 3,5 przez 6, aby otrzymać względne mobilności 0,833, 0,75 i 0,5833.
Producent podaje rozmiar każdego fragmentu w drabinach, które dostarcza, więc powinieneś już mieć tę informację.
Użyj funkcji Linia trendu w programie do obsługi arkuszy kalkulacyjnych, aby dopasować równanie do danych. To równanie powinno być równaniem potęgowym (np. x^-2) i powinno stosunkowo dobrze pasować do danych (współczynnik R co najmniej 0,9). Tworzy to krzywą i krzywą standardową Przewyższać.
Pamiętaj, że mniejsze fragmenty DNA przemieszczają się dalej przez żel niż duże fragmenty DNA, więc te znajdujące się najbliżej barwnika śledzącego będą najmniejsze. Pamiętaj jednak, że jeśli plazmid (okrągłe) DNA jest niecięte, zostanie „superzwinięte” lub skręcone jak przewód telefoniczny, co spowoduje jego podróż dalej niż liniowy DNA o tej samej wielkości.
Podobnie „nacięty” plazmid, który został niecałkowicie przecięty, będzie podróżować krótszy odległość niż liniowy DNA o tym samym rozmiarze. W związku z tym nie możesz oszacować wielkości nieociętych plazmidów z twojego żelu.
Połącz pasma na każdej linii z tożsamością próbki załadowanej na tę linię i ustal, czy to, co widzisz, jest tym, czego byś się spodziewał. Będzie to zależeć od charakteru Twojego eksperymentu.
Ogólnie jednak, jeśli strawisz wstawkę plazmidową dwoma enzymami restrykcyjnymi, można oczekiwać, że wstawka zostanie uwolniona z plazmidu.
Ponieważ jest znacznie mniejszy niż plazmid, można by się spodziewać, że na tym pasie zobaczysz dwa prążki, jeden w pobliżu góry, a drugi w dół blisko dołu. Plazmid cięty tylko jednym enzymem restrykcyjnym powinien tworzyć tylko pojedyncze pasmo, które przemieszcza się nieco dalej niż cięcie plazmidu dwoma Enzymy restrykcyjne, ale nigdzie w pobliżu wkładki.
Zmierz odległość od dołków do wyciętego plazmidu i wstaw prążki linijką. Podziel te liczby przez odległość przebytą przez barwnik śledzący, aby znaleźć względną ruchliwość wstawek i ciętych plazmidów.
