Bakterie to małe, jednokomórkowe organizmy, które są zarówno korzystne, jak i szkodliwe dla ludzi. Niektóre formy bakterii pomagają nam żyć, na przykład te, które pomagają rozkładać pokarm w naszych jelitach. Inne formy, takie jak bakterie wywołujące dżumę dymieniczą, mogą zabić osobę, jeśli nie są leczone. Istnieje wiele różnych rodzajów bakterii, które oddychają różnymi metodami. Dwie podstawowe metody oddychania bakteryjnego to oddychanie tlenowe i oddychanie beztlenowe.
Oddychające tlenowo formy bakterii wymagają tlenu do życia. Wykorzystują tlen jako paliwo, aby spalać energię i dostarczać im energii potrzebnej do życia. Ten rodzaj oddychania bakteryjnego jest taki sam, jak u ludzi, stąd określenie „ćwiczenia aerobowe”. Głównym produktem ubocznym oddychania tlenowego bakterii jest dwutlenek węgla.
Wiele rodzajów bakterii oddycha beztlenowo. Innymi słowy, mogą przejść przez proces oddychania bez obecności tlenu. Zamiast używać tlenu do spalania energii zawartej w jedzeniu, tego typu bakterie wykorzystują inne naturalnie występujące substancje chemiczne, aby wywołać reakcje chemiczne i uwolnić potrzebną im energię. Powszechnie stosowane chemikalia występujące w przyrodzie to azotany, siarczany i dwutlenek węgla. Oddychanie beztlenowe bakterii na ogół wytwarza wiele produktów ubocznych. Wiele z tych produktów ubocznych może być toksycznych lub niebezpiecznych dla ludzi i obejmuje etanol i wodór.