Protisty i bakterie należą do różnych domen życia, eukariontów i prokariontów, rozdzielonych przez długie eony ewolucji. Niemniej jednak, jak wszystkie formy życia na Ziemi, mają wspólnego przodka, a zatem istnieje wiele intrygujących podobieństw. Pomimo niesamowitej różnorodności zarówno protistów, jak i bakterii, można dokonać kilku uogólnień na temat tego, co ich łączy.
Kod genetyczny
U protistów, bakterii i wszystkich innych organizmów pewne sekwencje par zasad chemicznych w DNA kodują określone aminokwasy. Kod jest prawie uniwersalny, w tym sensie, że ta sama sekwencja z DNA będzie kodować tę samą sekwencję aminokwasów zarówno u protisty, jak i bakterii. Wyjątkiem od tej uniwersalności jest fakt, że niektóre bakterie używają sekwencji UAG do kodowania pirolizyny, a nie kodonu stop, który jest stosowany w innych organizmach. Niemniej jednak, w większości, kod jest niezwykłym podobieństwem między bakteriami a protistami.
Rybosomy
Zarówno bakterie, jak i protisty najpierw transkrybują fragmenty swojego kodu DNA na RNA, a następnie tłumaczą ten RNA na białko przy użyciu złożonych struktur zwanych rybosomami. Znowu protisty i bakterie dzielą te podobieństwa ze wszystkimi innymi znanymi formami życia. Struktura rybosomu różni się nieco między bakteriami a eukariontami, takimi jak protisty. Ta różnica jest również ważna, ponieważ niektóre antybiotyki zabijają bakterie, wykorzystując różnice między rybosomami bakteryjnymi i eukariotycznymi.
Błony komórkowe
Zarówno bakterie, jak i protisty mają błony komórkowe zbudowane z substancji chemicznych zwanych fosfolipidami. Fosfolipid w bakterii lub protista ma na jednym końcu rozpuszczalną w wodzie grupę i nierozpuszczalny w wodzie ogon z drugiej, więc błony komórkowe bakterii i protistów są zbudowane z dwuwarstwy fosfolipidy. Ogony po obu stronach są skierowane w stronę środka dwuwarstwy. Bakterie oprócz błony komórkowej mają ścianę komórkową, a niektóre bakterie mają zarówno błonę wewnętrzną, jak i zewnętrzną.
Wysoce konserwowane procesy
Bakterie i protisty mają uderzające podobieństwa w różnych procesach biochemicznych, które są również bardzo podobne do tych we wszystkich innych formach życia. Proces, którego używają bakterie i protisty do rozkładania glukozy, nazywa się glikolizą. Chociaż istnieją pewne odmiany, glikoliza zachodzi w prawie wszystkich znanych organizmach. Podobnie proces replikacji DNA między bakteriami i protistami jest bardzo podobny, z pewnymi drobnymi różnicami.