Klonowanie to gorący problem etyczny w społeczności naukowej, ale bakterie cały czas klonują się. W procesie zwanym rozszczepieniem binarnym jedna bakteria podwaja swój rozmiar i materiał genetyczny, a następnie dzieli się, tworząc dwie identyczne komórki.
W porównaniu z podziałem komórek eukariotycznych lub mitozą, rozszczepienie binarne jest stosunkowo prostym procesem. Po pierwsze, bakteria kopiuje swoje DNA – materiał genetyczny, który w bakteriach jest kolisty. DNA dostarcza wszystkich informacji niezbędnych do stworzenia identycznej komórki. DNA jest następnie segregowane na przeciwległych końcach komórki, a białka niezbędne do podziału komórki gromadzą się w centrum komórki. Bakteria zwykle podwaja swój płyn wewnątrzkomórkowy, zwany również cytoplazmą. Białka rozszczepiają komórkę na dwie części, a u większości bakterii budowana jest nowa ściana komórkowa, która kończy podział.
Zaletą rozszczepienia binarnego z perspektywy bakterii jest to, że jest szybkie i proste. Z punktu widzenia kontroli i zapobiegania chorobom rozszczepienie binarne jest korzystne, ponieważ upraszcza produkcję leków. Zazwyczaj do leczenia infekcji bakteryjnej potrzebny jest tylko jeden lek, ponieważ wszystkie bakterie są identyczne i zareagują w ten sam sposób. Niestety, niektóre bakterie rozwijają lekooporność poprzez mutację, co znacznie utrudnia leczenie infekcji.