Drzewa iglaste mają dwa rodzaje szyszek: szyszka pyłkowa i szyszka nasienna. Niektóre drzewa iglaste mają oba rodzaje szyszek na tym samym drzewie, dzięki czemu drzewo może samo się zapylać. Zapylenie krzyżowe ma miejsce, gdy jedno drzewo wytwarza tylko szyszki nasienne i dlatego musi być zapłodnione przez pyłek dryfujący do szyszek nasiennych z szyszek pyłkowych znajdujących się na innych pobliskich drzewach.
Szyszki pyłku są charakterystycznie mniejsze i szersze niż szyszki nasienne. Szyszki pyłku mają tendencję do więdnięcia i obumierania po uwolnieniu pyłku z szyszek w celu zapłodnienia szyszek nasiennych. W fazie uśpienia pączek iglasty może być męski, żeński lub wegetatywny. Rozróżnienie między typami pąków na tym etapie jest możliwe tylko przez preparację. Jedną wskazówką, która może pomóc w identyfikacji szyszki pyłkowej, jest jej lokalizacja. Szyszki nasion mają tendencję do rozwijania się wyżej na drzewie, aby pomóc w rozproszeniu po zapyleniu nasion.
Szyszki nasienne są powszechnie używane do identyfikacji typu drzewa, ponieważ pozostają na lub pod drzewem przez dłuższy czas. Pąki smukłych stożków nasiennych pęcznieją przez cztery do sześciu tygodni, aż zaczną pojawiać się czerwone lub zielono zakończone jajowate łuski. Łuski mają tendencję do zaginania się pionowo od podstawy szyszki, a następnie opadania w dół po przyjęciu pyłku z szyszek pyłku, aby zainicjować rozwój nasion i dojrzałość szyszek sygnałowych.
Niektóre drzewa iglaste nie mają ani szyszek pyłkowych, ani nasiennych. Zamiast tego drzewo wydaje owoce, które częściowo pokrywają nasiona. Cis kanadyjski jest przykładem drzewa iglastego produkującego osnowę, które zawiera mięsiste okrycie zawierające nasiona drzewa. Aby zapobiec nadmiernej utracie nasion przez drapieżniki zwierząt i ptaków, które mogą chcieć żywić się owoc cisa, to drzewo przystosowało się tak, że jego owoce są toksyczne, a nasiona pozostają spokojny.
Iglaki z szyszkami lub pinophyta są klasyfikowane jako nagonasienne (nagie nasiona), ponieważ ich zalążki i nasiona nie są zamknięte w jajnikach lub znajdują się w ochronnych powłokach owocowych. Jeśli drzewo iglaste ma zarówno szyszki pyłkowe, jak i nasienne na tym samym drzewie, jest dalej klasyfikowane jako sporofit diploidalny. Po uformowaniu nasion po zapyleniu łuski szyszki otwierają się, aby uwolnić nasiona do rozproszenia przez wodę, wiatr oraz ruchy ludzi i zwierząt.