Ekosystemy lasów deszczowych są domem dla niektórych z najbardziej gęstych i różnorodnych społeczności zwierzęcych na Ziemi. Jednak lasy deszczowe są stale eksploatowane ze względu na ich bogate zasoby. Praktyki ludzkie, takie jak wydobycie i wylesianie, mają poważny wpływ na te siedliska, powodując, że niezliczone gatunki zwierząt tracą swoje domy w alarmującym tempie.
Ptaki
Kilka gatunków tukanów, papug i innych ptaków tropikalnych z lasów deszczowych Ameryki Południowej i Środkowej jest zagrożonych wyginięciem z powodu wycinki i innych przyczyn wylesiania. Harpia orzeł, jeden z największych znanych gatunków orłów na świecie, rozwija się na nizinach tropikalnych lasów deszczowych od południowego Meksyku po wschodnią Boliwię; Siedlisko tego ptaka stale się kurczy z powodu praktyk wycinania lasów, a także niszczenia miejsc lęgowych z powodu praktyk przemysłowych, takich jak górnictwo i odwierty naftowe. Utrata siedlisk zagraża również tysiącom gatunków ptaków wędrownych. Gatunki te podróżują na północ latem w Ameryce Północnej i wracają do tropików zimą; coraz więcej powraca każdego roku, aby nie znaleźć domu i/lub zniszczonych miejsc lęgowych.
Ssaki
W lasach deszczowych swoje domy traci wiele gatunków ssaków, od najmniejszego gryzonia po największego drapieżnika. Wiele większych ssaków potrzebuje dużo miejsca na pożywienie i/lub polowanie. W miarę postępu praktyk przemysłowych na niektórych obszarach ssaki z lasów deszczowych, takie jak goryle, jaguary i pumy, muszą ograniczać się do fragmentarycznych siedlisk o niewystarczających zasobach. Wylesianie dotyka najbardziej bezpośrednio ssaki nadrzewne (żyjące na drzewach), takie jak latająca wiewiórka i nietoperz owocożerny, a także kilka gatunków małp. Całe społeczności pozostają bez dachu nad głową, co zmusza je do przystosowania się do bezdrzewnych środowisk, na które nie są przygotowane.
Gady i płazy
Wylesianie stanowi główną przyczynę utraty siedlisk dla większości gadów z lasów deszczowych, podczas gdy wiele gatunków płazów również traci swoje domy z powodu praktyki wiertnicze i wydobywcze, które zanieczyszczają stawy, rzeki i strumienie, zmuszając je do znalezienia nowych źródeł wody dla ich półwodnego stylu życia. Zagrożone i zagrożone gatunki gadów i płazów obejmują złotą ropuchę, gekon z Madagaskaru i legwany, a także kilka gatunków trujących żab, w szczególności te z Kolumbii.