Życie rozkwitło w lasach deszczowych Kostaryki i w środowiskach morskich (jeden na 20 wszystkich gatunków roślin i zwierząt można znaleźć w Costa Rica), ale jest tam również ponad 100 gatunków zagrożonych wyginięciem Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i Zasobów Naturalnych lista. Wylesianie, przekształcanie siedlisk i zanieczyszczenie są przyczyną osłabienia wielu gatunków.
Ssaki
Kostaryka ma jedną z najbogatszych populacji nietoperzy na świecie, składającą się z połowy populacji ssaków. Gatunki nietoperzy na liście wahają się od dużego drapieżnego nietoperza widmowego do białego nietoperza honduraskiego, o długości tylko około 37-47 mm, chociaż oba są niskiego ryzyka. Koty, takie jak mały cętkowany kot, kostarykański kuguar i środkowoamerykański jaguar, zostały wypędzone z ich siedliska i tamaryna bawełniana, wyjec płaszczkowy i naczelne małpy czepiaki Geoffroya zostały znacznie zmniejszone. Inne zagrożone ssaki to mrówkojad olbrzymi, jeleń sambarski i tapir Bairda.
Ptaki
Kostaryka jest domem dla 894 gatunków ptaków, więcej niż w USA i Kanadzie łącznie. Spośród nich ponad 600 jest stałymi mieszkańcami, w tym zagrożony parasol z gołą szyją, czarny guan i niebiesko-złoty tanager, ale ptaki, takie jak pokrzewka błękitnolistna i rybitwa elegancka, są wędrowne. Dziwonia z Wyspy Kokosowej przebywa na Wyspie Kokosowej 360 mil od wybrzeża Kostaryki. Jest to jedyna zięba Darwina, która nie jest całkowicie endemiczna dla Galapagos. Inne zagrożone ptaki to znane gatunki, takie jak orzeł (czarny orzeł samotnik), ara (wielka zielona ara), koliber (koliber namorzynowy) i papuga (papuga czerwonoczelna).
Gady i płazy
Legwan pięciokilowy i żółw błotny z wąskimi mostami to tylko niektóre z zagrożonych gadów, ale jest ich znacznie więcej. zagrożone płazy, z których większość to żaby lub salamandry, które zazwyczaj są reprezentowane przez dużą różnorodność w lasach deszczowych środowiska. Żaba liściasta i żaba drzewna Starretta są wymienione jako krytycznie zagrożone. Podobnie jak salamandra robak El Empalme i dwa gatunki ropuch: ropucha pico blanco i ropucha karłowata. Ropucha złota z Monte Verde nie była widziana od 1989 roku i uważana jest za wymarłą.
Ryba
Większość ryb z Kostaryki znajdujących się na liście gatunków zagrożonych jest zagrożona lub podatna na zagrożenia. Należą do nich granik oliwkowy, konik morski pacyficzny i rekin koronowy. Na liście znajduje się również kilka promieni, takich jak promień dziesiątki na Pacyfiku i promień sierści na Atlantyku.
Bezkręgowce
Istnieje wiele zagrożonych wyginięciem damy cienia, owadów, które wyglądają podobnie do ważek. Należą do nich gatunki czarnogrzbiete, wydłużone, chiriquita, kakao i reventazon. Wiele innych zagrożonych wyginięciem owadów to ważki guzowate, takie jak limon, garbaty, catago, wulkan, alajuela i gatunki rogate. Dwa gatunki krabów słodkowodnych i kilka koralowców morskich również znalazły się na liście IUCN.
Rośliny
W Kostaryce istnieje ponad 9000 znanych gatunków roślin. Zagrożone rośliny obejmują członków rodziny motylkowatych, takich jak abarema i lancetowate, z których ten ostatni wywodzi swoją nazwę od owoców przypominających lancet. Występują również 24 gatunki kwitnącej rośliny eugenia, dziewięć gatunków aromatycznej rośliny quararibea i dwa gatunki z rodzaju virola, który jest blisko spokrewniony z gałką muszkatołową i ma żółte kwiaty z ostrym zapach. Inne główne zagrożone rodzaje to koralowiec, kriosofila wachlarzowata i wiecznie zielone lub suche cedry z drzew liściastych. Szczególnie zagrożonymi gatunkami roślin są kostarykańska jatrofa, drzewo manilkara i drzewo gavilán blanco.
