Op aarde drijft de energie van de zon de wind aan; dus op Neptunus, waar de zon niet veel groter lijkt dan een ster, zou je zwakke wind verwachten. Het tegendeel is echter waar. Neptunus heeft de sterkste oppervlaktewinden in het zonnestelsel. De meeste energie die deze winden van brandstof voorziet, komt van de planeet zelf.
In vergelijking met een van de gasreuzenplaneten, is de atmosfeer van de aarde een poel van sereniteit. Op Jupiter bereiken de winden in de Kleine Rode Vlek 618 kilometer per uur (384 mijl per uur), wat bijna twee keer zo snel is als de wind in de hevigste terrestrische orkaan. Op Saturnus kunnen winden in de bovenste atmosfeer bijna drie keer harder waaien dan dat, met 1800 kilometer per uur (1118 mijl per uur). Zelfs deze winden nemen een achterstand in op die in de buurt van Neptunus' Grote Donkere Vlek, die astronomen hebben geklokt op 1.931 kilometer per uur (1.200 mijl per uur).
Net als Jupiter en Saturnus wekt Neptunus meer energie op dan het van de zon ontvangt, en deze energie die uit de kern van de planeet straalt, drijft de sterke oppervlaktewinden aan. Jupiter straalt energie uit die overblijft na zijn vorming, en de energie die Saturnus uitstraalt, is grotendeels het resultaat van wrijving veroorzaakt door heliumregen. Op Neptunus houdt een deken van methaan - wat een broeikasgas is - warmte vast. Als de planeet was zoals Uranus (die geen interne energiebron heeft), zou die warmte al lang geleden de ruimte in zijn uitgestraald. In plaats daarvan straalt de planeet, hoewel de temperaturen ijskoud zijn, 2,7 keer meer warmte uit dan ze van de zon ontvangt, wat genoeg is om haar woeste winden aan te drijven.