Taxonomen classificeren al het leven op aarde in een van de vijf koninkrijken. Leden van de eerste vier koninkrijken, Animalia, Plantae, Fungi en Protista, zijn allemaal eukaryote organismen. Dit betekent dat de cellen van het organisme, die eencellig of meercellig kunnen zijn, allemaal hun genetisch materiaal in een kern hebben. Het vijfde koninkrijk, Monera, bevat alle eencellige organismen die geen echte kern hebben. Leden van het koninkrijk Monera worden gewoonlijk bacteriën genoemd.
Eubacteriophyta
Eubacteriophyta zijn de echte grampositieve bacteriën. Gram-positief betekent dat deze bacteriën een positief resultaat zouden geven bij een Gram-kleuring. Gram-positieve bacteriën hebben een hoger peptidoglycaangehalte dan gram-negatieve bacteriën, terwijl gram-negatieve bacteriën een hogere lipideconcentratie hebben. Binnen dit phylum kunnen bacteriën bolvormig (coccus), staafvormig (bacil) of kurkentrekkervormig (spirillum) zijn.
Cyanophyta
Deze stam van bacteriën bevat organismen die ooit bekend stonden als 'blauwgroene algen'. Tegenwoordig worden ze over het algemeen geclassificeerd als: cyanobacteriën, omdat de afwezigheid van een kern duidelijk aangeeft dat ze nauwer verwant zijn aan de andere bacteriën dan ze zijn aan algen. Maar net als algen bevatten cyanobacteriën wel chlorofyl en kunnen ze fotosynthetiseren. Sommige wetenschappers speculeren dat de cyanobacteriën de voorlopers zijn van chloroplasten in hogere fotosynthetiserende organismen, zoals algen en planten.
Proteobacteriën
De meest diverse stam binnen het Monera-koninkrijk, Proteobacteria, omvat stikstofbindende bacteriën, die stikstof uit de lucht beschikbaar maken voor planten en dieren. Zonder hen zou het leven zoals we het kennen niet kunnen bestaan. Proteobacteria omvat ook de bekende E. coli en salmonella soorten bacteriën, bekend als potentiële verwekkers van voedselvergiftiging.
Spirochaeten
Deze bacteriën hebben een opgerolde vorm, zoals hun naam al doet vermoeden. Treponema pallidum, een bacterie in deze stam, veroorzaakt syfilis bij mensen. Borrelia burgdorferi, een ander lid van deze groep, veroorzaakt de ziekte van Lyme. Niet alle spirocheten zijn schadelijk voor hun gastheren. Sommigen van hen leven in de spijsverteringskanalen van termieten waar ze, samen met andere micro-organismen, bijdragen aan het vermogen van de termieten om cellulose te verteren. Dit is gunstig, althans voor de termiet.
Classificatie
Het is vermeldenswaard dat er verschillende stromingen zijn met betrekking tot het classificeren van organismen. Er is geen "officiële" taxonomie van Monera in specifieke phyla. Inderdaad, veel wetenschappers onderschrijven een systeem dat het koninkrijk Monera volledig opheft, en de ook andere vier koninkrijken, en vervangt dit door een systeem waarin al het leven in drieën is verdeeld domeinen. Twee hiervan zouden organismen bevatten die voorheen lid waren van Monera, terwijl al het andere leven deel zou uitmaken van het derde domein.