Protisten en bacteriën behoren tot verschillende domeinen van het leven, de eukaryoten en de prokaryoten, gescheiden door lange eonen van evolutie. Desalniettemin delen ze, net als alle vormen van leven op aarde, een gemeenschappelijke voorouder, en dus zijn er een aantal intrigerende overeenkomsten. Ondanks de ongelooflijke diversiteit van zowel protisten als bacteriën, kun je een paar generalisaties maken over wat ze gemeen hebben.
Genetische code
Bij protisten, bacteriën en alle andere organismen coderen bepaalde sequenties van chemische basenparen in DNA voor bepaalde aminozuren. De code is bijna universeel, in die zin dat dezelfde sequentie uit het DNA zal coderen voor dezelfde sequentie van aminozuren in zowel een protist als een bacterie. Uitzonderingen op deze universaliteit zijn onder meer het feit dat sommige bacteriën de sequentie UAG gebruiken om te coderen voor pyrrolysine in plaats van een stopcodon, zoals het in andere organismen wordt gebruikt. Desalniettemin is de code voor het grootste deel een opmerkelijke overeenkomst tussen bacteriën en protisten.
ribosomen
Zowel bacteriën als protisten transcriberen eerst delen van hun DNA-code in RNA en vertalen dit RNA vervolgens in eiwit met behulp van complexe structuren die ribosomen worden genoemd. Nogmaals, protisten en bacteriën delen deze overeenkomsten met alle andere bekende vormen van leven. De structuur van het ribosoom verschilt enigszins tussen bacteriën en eukaryoten zoals de protisten. Dit verschil is ook belangrijk, omdat sommige antibiotica bacteriën doden door gebruik te maken van verschillen tussen bacteriële en eukaryote ribosomen.
Celmembranen
Zowel bacteriën als protisten hebben celmembranen gemaakt van chemicaliën die fosfolipiden worden genoemd. Een fosfolipide in een bacterie of een protist heeft aan één uiteinde een in water oplosbare groep en een in water onoplosbare staart aan de andere kant, zodat de celmembranen van bacteriën en protisten zijn opgebouwd uit een dubbellaag van fosfolipiden. De staarten aan beide wijzen naar het midden van de dubbellaag. Bacteriën hebben echter naast hun celmembraan een celwand en sommige bacteriën hebben zowel een binnen- als een buitenmembraan.
Sterk geconserveerde processen
Bacteriën en protisten delen opvallende overeenkomsten in verschillende biochemische processen die ook erg lijken op die in alle andere levensvormen. Het proces dat bacteriën en protisten gebruiken om glucose af te breken, wordt glycolyse genoemd. Hoewel er enkele variaties zijn, vindt glycolyse plaats in bijna alle bekende organismen. Evenzo is het proces van DNA-replicatie zeer vergelijkbaar tussen bacteriën en protisten met enkele kleine verschillen.